1.一種引物,其特征在于,所述引物的序列為:SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2。
2.一種應(yīng)用權(quán)利要求1所述引物的利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的方法,其特征在于,所述利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的方法包括以下步驟:
步驟一,抽提樣品的基因組DNA;
步驟二,提供擴(kuò)增人KRAS基因多態(tài)性rs712位點(diǎn)附近序列的正向引物和反向引物,上游引物:5’-GCAG ACTGTTAGCT TTTACC-3’,下游引物:5’-CTATAGGACATGATGCCTAGAAG-3’,以提取的待測人基因組DNA為模板,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,獲取擴(kuò)增產(chǎn)物;
步驟三,使用限制性內(nèi)切酶TaqI進(jìn)行酶切獲取相應(yīng)的酶切產(chǎn)物;
步驟四,將酶切產(chǎn)物采用3%的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,以判定KRAS基因多態(tài)性rs712的各基因型,其中,經(jīng)電泳后有一條條帶者為野生型TT基因型,兩條條帶者為純合突變GG基因型,三條條帶者為雜合基因型TG基因型。
3.如權(quán)利要求2所述的利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的方法,其特征在于,所述PCR擴(kuò)增的體系反應(yīng)條件:
在標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)中采用三溫度點(diǎn)法,雙鏈DNA在94℃變性,再迅速冷卻至57℃,引物退火并結(jié)合到靶序列上,然后升溫至72℃,在TaqDNA聚合酶的作用下,使引物鏈沿模板延伸。
4.如權(quán)利要求2所述的利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的方法,其特征在于,所述利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的方法包括以下步驟:
(l)獲取手術(shù)切取的食管癌組織,采用酚-氯仿法提取食管癌組織的基因組DNA作為待測DNA,提取步驟如下:
1)將食管癌組織塊解凍,用生理鹽水洗去血污,剪取0.1g的組織進(jìn)行碾磨,加入1ml的滅菌水,顛倒混勻,10000rpm離心10min,棄上清,以上步驟重復(fù)兩次;
2)加入200μl的DNA裂解液,5μl的蛋白酶K混勻,55℃水浴消化過夜;
3)消化完成后加入等體積的酚氯仿混合液1:1,劇烈震蕩,使其變成奶咖色,12000rpm離心10min;
4)取上清時(shí)避免觸及中間介質(zhì)以及下層液體,加入等體積的氯仿后顛倒混勻,12000rm離心10min;
5)取上清,加入1/10的醋酸鈉以及2.5倍的無水乙醇,顛倒混勻,12000rpm離心10min,棄上清;
6)加入1ml 70%乙醇,使其白色沉淀懸浮,顛倒混勻數(shù)次,12000rpm離心10min,棄上清,室溫靜置5-10min使乙醇揮發(fā)干凈;
7)加入50μl滅菌水溶解DNA,即得食管癌組織基因組DNA;
(2)堿基序列信息從NCBI的dbSNP數(shù)據(jù)庫獲取,在CHIP網(wǎng)站上進(jìn)行核對,明確準(zhǔn)確無誤后采用Primer Premier 6.0設(shè)計(jì)各位點(diǎn)引物,結(jié)合退火溫度、GC含量以及Pubmed中的Blast序列比對結(jié)果信息篩選出最優(yōu)引物為正向引物序列:5’-GCAG ACTGTTAGCT TTTACC-3’,下游引物:5’-CTATAGGACATGATGCCTAGAAG-3’,進(jìn)行PCR引物擴(kuò)增,制備PCR擴(kuò)增體系:2×TaqPCRMix7.5μl,雙蒸水5.9μl,上游引物0.3μl,下游引物0.3μl以及模板DNA 1.0μl,充分混勻后即得15.0μl PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系;按照第一階段:94℃變性5min,第二階段共包括30個循環(huán)三個步驟,首先94℃變性30s,57℃退火45s,最后72℃延伸45s,第三階段:72℃延伸5min,最終4℃儲存以備用,即得長為384bp的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;
(3)擴(kuò)增后的SNP片段用限制性核酸內(nèi)切酶TaqI 5U水浴鍋中酶切6-14h,PCR反應(yīng)產(chǎn)物5μl,限制性內(nèi)切酶0.5μl,Buffer1.0μl以及無核酸酶純水8.5μl共計(jì)15μl酶切體系,于水浴鍋中37℃酶切6-14h,即得酶切產(chǎn)物;
(4)酶切產(chǎn)物采用3%的瓊脂糖進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,在紫外燈照射下根據(jù)不同的條帶判斷野生純合基因型,雜合基因型以及突變純合基因型。
5.如權(quán)利要求2所述的利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的方法,其特征在于,所述利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的方法包括以下步驟:
(l)獲取外周血細(xì)胞,采用酚-氯仿法提取血細(xì)胞基因組DNA作為待測DNA,提取步驟如下:
l)在1.5ml離心管中加入300μl血細(xì)胞后,再加入900μl細(xì)胞裂解液混和均勻,在冰上放置10min后,在離心機(jī)中12000rpm離心1min,棄上清,再次加入900μl細(xì)胞裂解液,用槍吹起沉淀并混勻后,重復(fù)上述步驟;
2)向沉淀物中加入600μl solution B溶液,用移液槍輕輕吹起沉淀后,加入10μl蛋白酶K混勻,在70℃水浴鍋中放置10min后,12000rpm離心5min;
3)將離心管中的上清轉(zhuǎn)入編過號的新的離心管中,再向新的離心管中加入500μl無水乙醇,期間可能會出現(xiàn)絮狀沉淀物,該絮狀物即為DNA;
4)將混勻的液體轉(zhuǎn)入離心柱中,室溫靜置2min,再12000rpm離心1min,棄廢液;
5)加入700μl已加入相應(yīng)體積無水乙醇的solution C漂洗液,室溫靜置2min,12000rpm離心1min,棄廢液;
6)加入700μl已加入相應(yīng)體積無水乙醇的solution D漂洗液,室溫靜置2min,12000rpm離心1min,棄廢液;
7)加入500μl solution D漂洗液,12000rpm離心1min,棄廢液;
8)再次離心2min,將離心柱置于新的編過號的離心管中,敞口放入37℃恒溫箱內(nèi)10min直至無明顯乙醇味;
9)在硅基質(zhì)膜中央加入已經(jīng)預(yù)熱到65℃的solution E 100μl,室溫放置5min,12000rpm離心1min,重復(fù)上述步驟一次,終離心后的液體即為提取出的基因組DNA;
(2)堿基序列信息從NCBI的dbSNP數(shù)據(jù)庫獲取,在CHIP網(wǎng)站上進(jìn)行核對,明確準(zhǔn)確無誤后采用Primer Premier 6.0設(shè)計(jì)各位點(diǎn)引物,結(jié)合退火溫度、GC含量以及Pubmed中的Blast序列比對結(jié)果信息篩選出最優(yōu)引物為正向引物序列:5’-GCAG ACTGTTAGCT TTTACC-3’,下游引物:5’-CTATAGGACATGATGCCTAGAAG-3’,進(jìn)行PCR引物擴(kuò)增,制備PCR擴(kuò)增體系:2×TaqPCRMix7.5μl,雙蒸水5.9μl,上游引物0.3μl,下游引物0.3μl以及模板DNA 1.0μl,充分混勻后即得15.0μl PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系;按照第一階段:94℃變性5min,第二階段共包括30個循環(huán)三個步驟,首先94℃變性30s,57℃退火45s,最后72℃延伸45s,第三階段:72℃延伸5min,最終4℃儲存以備用,即得長為384bp的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;
(3)擴(kuò)增后的SNP片段用限制性核酸內(nèi)切酶TaqI 5U水浴鍋中酶切6-14h,PCR反應(yīng)產(chǎn)物5μl,限制性內(nèi)切酶0.5μl,Buffer1.0μl以及無核酸酶純水8.5μl共計(jì)15μl酶切體系,于水浴鍋中37℃酶切6-14h,即得酶切產(chǎn)物;
(4)酶切產(chǎn)物采用3%的瓊脂糖進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,在紫外燈照射下根據(jù)不同的條帶判斷野生純合基因型,雜合基因型以及突變純合基因型。
6.一種包含權(quán)利要求1所述引物的利用TaqI鑒定食管癌易感基因KRAS多態(tài)性的試劑盒。