專利名稱：用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的標(biāo)記序列及其應(yīng)用的制作方法
用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的標(biāo)記序列及其應(yīng)用本發(fā)明涉及用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的新標(biāo)記序列及其診斷用途，以及依靠這些標(biāo)記 序列篩選用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的潛在活性物質(zhì)的方法。而且，本發(fā)明涉及包含該類型的用 于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的標(biāo)記序列的診斷設(shè)備，特別是蛋白生物芯片及其應(yīng)用。蛋白生物芯片在分析和診斷以及藥物幵發(fā)方面正獲得日益增加的產(chǎn)業(yè)重要性。蛋 白生物芯片已經(jīng)被確立為篩選工具。在單個(gè)實(shí)驗(yàn)中對(duì)多個(gè)特異結(jié)合分析分子的快速且高平行性的檢測(cè)由此成為可 能。要制備蛋白生物芯片，必須獲得要求的蛋白。出于這個(gè)目的，特別地蛋白表達(dá)文庫已 經(jīng)被建立。確定的幵放讀碼框的高通量克隆是一種可能(Heyman，J. A.，Cornthwaite, J.，F(xiàn)oncerrada，L，Gilmore，J. R.，Gontang，E.，Hart man, K. J.，Hernandez, C. L，Hood, R. ，Hull, H. M. ，Lee, W. Y. ，Marcil, R. ，Marsh, E. J. ，Mudd，K. M. ，Patino, M. J. ，Purcell, T. J.，Rowland, J. J.，Sindici，M. L 和 Hoeffler，J. P.，(1999)，Genome-scale cloning and expressionof individual open reading frames using topoisomerasel-mediated ligation. Genome Res，9，383—392 ；Kersten，B.，F(xiàn)eilner，T.，Kramer，A.，Wehrmeyer, S.， Possling, A. , Witt, I.，Zanor，M. 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Methods Enzymol，328，575-592)。然而，這一類型的方法與基因組測(cè)序工程和這些基因序 列的注釋的進(jìn)展有很強(qiáng)的關(guān)聯(lián)。而且，由于差別剪接過程，表達(dá)序列的確定可能是不明確 的。這個(gè)問題可通過cDNA表達(dá)文庫的應(yīng)用而規(guī)避(Biissow，K.，Cahill，D.，Nietfeld，W.， Bancroft， D. ， Scherzinger， E. ， Lehrach, H.和 Walter， G. (1998)A method for global protein expression andantibody screening on high-density filters of an arrayed cDNAlibrary. Nucleic Acids Research,26,5007-5008 ；Biissow, K. ， Nordhoff, E.， Liibbert,C. ,Lehrach,H.和Walter，G. (2000)Ahuman cDNA library for high-throughput protein expressionscreening. Genomics，65，1—8 ；Holz，C.，Lueking，A.，Bovekamp，L， Gutjahr，C.，Bolotina，N.，Lehrach, H.和 Cahill，D. J. (2001)A human cDNA expression library in yeast enriched for openreading frames. Genome Res，11，1730—1735 ； Lueking, A.，Holz, C.，Gotthold，C.，Lehrach, H.和 Cahill，D. (2000)A system fordualprotein expression in Pichia pastoris and Escherichia coli,Protein Expr. Purif., 20,372-378)。特定組織的cDNA由此被克隆進(jìn)細(xì)菌或真核表達(dá)載體，例如，如酵母。用于表 達(dá)的載體通常的特點(diǎn)在于，它們攜帶可誘導(dǎo)的啟動(dòng)子，其可以被用于控制蛋白表達(dá)的時(shí)間。 而且，表達(dá)載體具有用于被稱作親和表位或親和蛋白的序列，其在一方面，允許依靠針對(duì)所 述親和表位的抗體特異性檢測(cè)重組融合蛋白，并且在另一方面，使得通過親和層析(IMAC) 的特異性純化成為可能。例如，在細(xì)菌表達(dá)系統(tǒng)大腸桿菌中的來自人胎兒腦組織的cDNA表達(dá)文庫的基因 產(chǎn)物在膜上以高密度的形式被排列，并能用不同抗體成功篩選。可能顯示全長(zhǎng)蛋白的比例 為至少66%。此外，來自文庫的重組蛋白能夠以高通量的方式被表達(dá)和純化(Braim P. ,Hu, Y. , Shen, B. , Halleck, A. ,Koundinya, Μ. ,Harlow,Ε.禾口 LaBaer, J. (2002)Proteome-scale purification of human proteins from bacteria. Proc Natl Acad Sci USA,99, 2654-2659 ；Bu ssow (2000)上文；Lueking，A. ,Horn, Μ.，Eickhoff，H.，Biissow，K.，Lehrach， H. and Walter, G. (1999)Protein microarrays for gene expressionand antibody screening. Analytical Biochemistry, 270,103-111)?；?cDNA 表達(dá)文庫的該類型蛋白 生物芯片特別地是W099/57311和WO 99/57312的主題。而且，除了抗原呈現(xiàn)的蛋白生物芯片，抗體呈現(xiàn)的排列也同樣地被描述(Lal et al(2002)Antibody arrays :An embryonic butrapidly growing technology, DDT, 7,143-149 ；Kusnezow et al. (2003), Antibody microarrays:An evaluation of productionparameters, Proteomics,3,254-264)。然而，存在對(duì)提供指示特異性(indication-specific)診斷設(shè)備，如蛋白生物芯 片的極大需求。類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的標(biāo)記序列及其診斷用途，特別在蛋白生物芯片實(shí)施方式中，以 及在這一方面用于活性物質(zhì)篩選的測(cè)試中，在現(xiàn)有技術(shù)未被描述。因此，本發(fā)明的目的是提供標(biāo)記序列和它們的診斷用途。特異標(biāo)記序列的提供允許患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者的可靠診斷及分級(jí)，特別是 通過蛋白生物芯片的手段。本發(fā)明因此涉及用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的標(biāo)記序列的應(yīng)用，其中至少一個(gè)標(biāo)記序列 在待檢查患者中確定或從待檢查患者中確定，所述標(biāo)記序列為選自組SEQ1-488的cDNA，或 其分別編碼的蛋白，或其部分序列或片段(下文中依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列)。通過區(qū)分篩選來自健康的測(cè)試對(duì)象的樣品和患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者的樣品 的方式，識(shí)別依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列是可能的。術(shù)語“類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA) ”被定義，例如，根據(jù)Pschyrembel, de Gruyter, 261st edition(2007),Berlin.根據(jù)本發(fā)明，“青少年先天性關(guān)節(jié)炎”同樣被涵蓋(ICD-10 M08. -. Abbr. JIA.較老的同義詞青少年類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、青少年慢性關(guān)節(jié)炎，Morbus Still或更流行地說法兒童風(fēng)濕病)，它是多種兒童(青少年)中類風(fēng)濕性疾病類別 中的主要關(guān)節(jié)疾病(關(guān)節(jié)炎)的統(tǒng)稱(定義，如，根據(jù)Pschyrembel，de Gruyter, 261st edition(2007), Berlin).這是一種多基因的疾病，其可以通過依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列，優(yōu) 選地通過標(biāo)記序列SEQ 401-488被特別有利地診斷。在進(jìn)一步實(shí)施方式中，至少2到5或10，優(yōu)選地30到50個(gè)標(biāo)記序列或50到100或更多標(biāo)記序列在待檢查患者中確定或從待檢查患者確定。在本發(fā)明特定的實(shí)施方式中，SEQ 1-20的標(biāo)記序列是特別優(yōu)選的，標(biāo)記序列SEQ 21-50是優(yōu)選的，并且標(biāo)記序列SEQ 51-100是優(yōu)選的。在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方式中，標(biāo)記序列SEQ 1-10和SEQ 11_20，以及優(yōu)選地SEQ 21-30、SEQ 31-40或SEQ 41-50分別是特別優(yōu)選的。此外，優(yōu)選的是用于青少年類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的標(biāo)記序列SEQ401-488，特別是 SEQ 401-420、SEQ 421-440、SEQ 441-460 和 SEQ461-488。在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方式中，依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列可以同樣地與用于該指示 的已知生物標(biāo)記同樣地結(jié)合、互補(bǔ)、融合或擴(kuò)增。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，標(biāo)記序列的確定在人體外進(jìn)行，并且確定在離體/體外診 斷中進(jìn)行。在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方式中，本發(fā)明因此涉及標(biāo)記序列作為診斷試劑的應(yīng)用， 其中至少一個(gè)標(biāo)記序列是選自組SEQ 1-488的cDNA，或其分別編碼的蛋白，或分別地其部 分序列或片段。而且，本發(fā)明涉及用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的方法，其中a.)選自組SEQ 1_488的 cDNA，或其分別編碼的蛋白，或分別地其部分序列或片段的至少一個(gè)標(biāo)記序列被施用在固 體支持物上；和b.)使其與患者的體液或組織提取物接觸；和c.)進(jìn)行體液或組織提取物 與來自a.)的標(biāo)記序列間相互作用的檢測(cè)。本發(fā)明因此同樣地涉及用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的診斷試劑，其分別地選自組 SEQ 1-488，或分別地其編碼的蛋白，或分別地其部分序列或片段。該類型相互作用的檢測(cè)可以，例如，通過探針，特別地通過抗體進(jìn)行。本發(fā)明因此同樣地涉及提供診斷設(shè)備或測(cè)試，特別是蛋白生物芯片的目的，其允 許對(duì)類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的診斷或檢測(cè)。而且，本發(fā)明涉及用于分級(jí)，特別是患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者的風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)和/或 療法控制的方法，其中選自組SEQ 1-488的cDNA或其分別編碼的蛋白的至少一個(gè)標(biāo)記序列 在待檢查的患者中被測(cè)定。此外，在新的或已建立的類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的亞組中將患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者 分級(jí)也被覆蓋，以及對(duì)于新治療試劑的臨床開發(fā)的患者組的有利選擇。術(shù)語治療控制同樣 地涵蓋了患者對(duì)于治療或其治療過程的反應(yīng)者(responder)和非反應(yīng)者(non-responder) 的分配?！霸\斷”對(duì)于本發(fā)明的目的表示憑借依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列以及對(duì)類風(fēng)濕性關(guān)節(jié) 炎患者的分配的陽性確定。術(shù)語診斷涵蓋這一方面的醫(yī)療診斷和檢查，特別是體外診斷和 實(shí)驗(yàn)室診斷，同樣地蛋白質(zhì)和核酸印記。進(jìn)一步的檢查可能是必要的，以確定并排除其它疾 病。術(shù)語診斷因此同樣涵蓋借助依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列對(duì)類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的區(qū)分診斷以及 類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的預(yù)防?！胺旨?jí)或治療控制”出于本發(fā)明的目的，表示依據(jù)本發(fā)明的方法提出了對(duì)于如下的 可能決定患者——無論是否是住院患者——的處理和治療，一種或多種藥物的使用、效果 和/或劑量，治 療方法或疾病過程或治療過程的監(jiān)控或疾病的病原學(xué)或分級(jí)，如分級(jí)為新 的或已存在的亞型，或疾病及其患者的區(qū)分。
在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方式中，術(shù)語“分級(jí)”特別地涵蓋了帶有不良健康事件的結(jié) 果的預(yù)后的風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，“患者”表示任何測(cè)試對(duì)象——人或哺乳動(dòng)物——前提條件是 測(cè)試對(duì)象被檢查類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。
術(shù)語“標(biāo)記序列”出于本發(fā)明的目的，表示cDNA或可以分別由此獲得的多肽或蛋 白對(duì)類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎是顯著的。例如，cDNA或可由此分別獲得的多肽或蛋白能夠與來自患 有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者的體液或組織提取物中的物質(zhì)顯示相互作用(如，抗原(表位)/抗 體(抗體決定簇)相互作用)。出于本發(fā)明的目的，“其中選自組SEQ 1-488的cDNA或其 分別編碼的蛋白或分別地其部分序列或片段的至少一個(gè)標(biāo)記序列在待檢查的患者中確定” 表示患者的體液或組織提取物與依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列之間的相互作用被檢測(cè)。該類型 的相互作用是，例如，結(jié)合，特別是在至少一個(gè)依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列上的結(jié)合物質(zhì)，或在 cDNA的情況下，在選定條件下，特別是嚴(yán)格條件下(例如，如在J. Sambrook，Ε. F. Fritsch, Τ. Maniatis(1989), Molecularcloning :Α laboratory manual,2nd Edition,Cold Spring HarborLaboratory Press, Cold Spring Harbor, USA 或 Ausubel, " CurrentProtocoIs in Molecular Biology " , Green Publishing Associatesand Wiley Interscience, N. Y. (1989)中通常定義的)，與合適物質(zhì)的雜交。嚴(yán)格雜交條件的一個(gè)實(shí)例是在4XSSC 中在65°C (可選地在50%甲酰胺和4 X SSC中在42 °C )雜交，接著在0. IXSSC中在65 °C 下若干個(gè)洗滌步驟，共約1小時(shí)。較不嚴(yán)格的雜交條件的一個(gè)實(shí)例是在4XSSC中在37°C雜 交，接著在IXSSC中在室溫下的若干個(gè)洗滌步驟。根據(jù)本發(fā)明，該類型的物質(zhì)是體液的成分，特別地是血液、全血、血漿、血清、患者 血清、尿液、腦脊髓液、關(guān)節(jié)液或患者組織提取物的成分。然而在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方式中，依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列能夠以表明類風(fēng)濕性 關(guān)節(jié)炎的顯著高或低的表達(dá)速率或濃度存在。依據(jù)本發(fā)明的類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的標(biāo)記序列的 相對(duì)患病/健康表達(dá)速率借助蛋白質(zhì)或核酸印跡法因此確定。在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方式中，所述標(biāo)記序列具有被定向到待結(jié)合物質(zhì)(如，抗 體、核酸)的識(shí)別信號(hào)。根據(jù)本發(fā)明，優(yōu)選的是，對(duì)于蛋白，所述識(shí)別信號(hào)是表位和/或抗體 決定簇和/或半抗原；并且對(duì)于cDNA，其是雜交或結(jié)合區(qū)域。依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列是表A的主題并能夠通過分別引用的數(shù)據(jù)庫條目(也借助 互聯(lián)網(wǎng):http://www· ncbi. nlm. nih. rov/)被清楚地識(shí)別(參見表A中登錄號(hào))。根據(jù)本發(fā)明，所述標(biāo)記序列也涵蓋cDNA序列和對(duì)應(yīng)的氨基酸序列的那些修飾，如 化學(xué)修飾，例如，瓜氨酸化、乙?；⒘姿峄?、糖基化或多聚腺苷酸鏈以及本領(lǐng)域普通技術(shù)人 員已知的其它修飾。在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方式中，依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列的部分序列或片段也同樣 被涵蓋。特別是與本發(fā)明所述標(biāo)記序列具有95%、90%同一性，特別地80%或70%同一性 的那些部分序列。在進(jìn)一步實(shí)施方式中，各個(gè)標(biāo)記序列能夠以不同的數(shù)量在固體支持物的一個(gè)或多 個(gè)區(qū)域中呈現(xiàn)。這允許敏感度的變化。所述區(qū)域可以分別具有全部的標(biāo)記序列，即足夠數(shù) 量的不同標(biāo)記序列，特別地2到5個(gè)或10個(gè)或更多，并且任選地更多核酸和/或蛋白，特別 地生物標(biāo)記。然而，至少96到25，000 (數(shù)值的)或更多來自不同或相同的標(biāo)記序列，并且進(jìn)一步地核酸和/或蛋白，特別地生物標(biāo)記是優(yōu)選的。并且，優(yōu)選的是多于2，500，特別優(yōu)選 的10，000或更多不同或相同的標(biāo)記序列，并且任選地其它核酸和/或蛋白，特別是生物標(biāo)記。本發(fā)明的另一個(gè)目的涉及包含至少一個(gè)選自組SEQ 1-488的cDNA或其分別編碼 的蛋白的標(biāo)記序列的排列。優(yōu)選地，所述排列包含至少2到5或10個(gè)，優(yōu)選地30到50個(gè) 標(biāo)記序列，或50到100個(gè)或更多標(biāo)記序列。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，“排列”與“陣列”是同義詞，并且如果“陣列”被用于識(shí)別標(biāo)記 序列上的物質(zhì)，這應(yīng)該被理解為是“陣列，，或診斷設(shè)備。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，所述排列被 設(shè)計(jì)為以便于在該排列上表現(xiàn)的標(biāo)記序列以網(wǎng)格的形式在固體支持物上出現(xiàn)。而且，那些 排列是優(yōu)選的，其允許蛋白結(jié)合體和標(biāo)記序列的高密度排列被布置(spotted)。這種高密度 布置的排列被公開，例如，在WO 99/57311和WO 99/57312中，并且可以被有利地用在自動(dòng) 機(jī)械支持的自動(dòng)化高通量方法中。
然而在本發(fā)明的范圍內(nèi)，術(shù)語“測(cè)定”或診斷設(shè)備同樣地包含設(shè)備的那些實(shí)施方 式，例如ELISA(例如，微量滴定盤的單個(gè)孔用依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列或標(biāo)記序列的組合包 被，任選地在該微量滴定盤的單個(gè)孔中以自動(dòng)機(jī)械支持的方式應(yīng)用；樣品是由Phadia生產(chǎn) 的診斷 ELISA 試劑盒或由 Pierce/Thermo Fisher Scientific 生產(chǎn)的“Searchlight”多重 ELISA試劑盒)，珠基測(cè)定(光譜上可區(qū)分的珠群用標(biāo)記序列或標(biāo)記序列的組合包被?；颊?樣品與該珠群溫育并且結(jié)合的(自身)抗體借助另一熒光標(biāo)記的第二抗體/檢測(cè)試劑通過 測(cè)定熒光而被檢測(cè)；即，Borrelia IgG試劑盒或由Multimetrix生產(chǎn)的AthenaMultilyte)， 線測(cè)定(依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列或標(biāo)記序列的組合以自動(dòng)機(jī)械支持的方式被固定在膜上， 其用患者樣品檢測(cè)/溫育；實(shí)例是由Euroimmim AG生產(chǎn)的“Euroline”)，蛋白質(zhì)印跡法(實(shí) 例是由Euroimmun AG生產(chǎn)的“Euroline-WB”)，免疫層析法(如，橫流免疫測(cè)定；標(biāo)記序列或 標(biāo)記序列的組合被固定在測(cè)試條帶上(膜，US5，714，389等)；實(shí)例是由Acon Laboratories 生產(chǎn)的“One Step HBsAg”測(cè)試設(shè)備)，或類似的免疫單一或多重檢測(cè)方法。所述排列的標(biāo)記序列被固定在固體支持物上，但是優(yōu)選點(diǎn)在或固定甚至印在固體 支持物上，即，以可重復(fù)的方式施用。一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記序列可以在所有標(biāo)記序列的全體中出 現(xiàn)多次并且基于一個(gè)點(diǎn)以不同的量存在。而且，所述標(biāo)記序列可以在固體支持物上被標(biāo)準(zhǔn) 化(即，通過例如，人球蛋白的連續(xù)稀釋系列作為數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和定量評(píng)估的內(nèi)部校準(zhǔn))。本發(fā)明因此涉及包含排列的測(cè)定或蛋白生物芯片，所述排列含有依據(jù)本發(fā)明的標(biāo) 記序列。在進(jìn)一步實(shí)施方式中，所述標(biāo)記序列作為克隆存在。該類型的克隆可以，例如，通 過依據(jù)本發(fā)明的cDNA表達(dá)文庫獲得(BUssow et al. 1998 (上文))。在優(yōu)選的實(shí)施方式 中，這種包含克隆的表達(dá)文庫使用表達(dá)載體獲得，所述表達(dá)載體來自含有cDNA標(biāo)記序列 的cDNA表達(dá)文庫。這些表達(dá)載體優(yōu)選地含有可誘導(dǎo)的啟動(dòng)子。表達(dá)的誘導(dǎo)可以，例如，通 過誘導(dǎo)物，如IPTG進(jìn)行。合適的表達(dá)載體在Terpe等中描述(Terpe T Appl Microbiol Biotechnol. 2003Jan ；60 (5) :523_33)。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員熟悉表達(dá)文庫，它們可以根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)作業(yè)產(chǎn)生，例如Sambrook 等，“Molecular Cloning, A laboratory handbook,第二版(1989), CSH press, Cold Spring Harbor, New York。組織特異(如，人組織，特別是人器官)的表達(dá)文庫也是優(yōu)選的。依據(jù)本發(fā)明還包括能夠通過外顯子捕捉(exon-trapping)獲得的表達(dá)文庫。表達(dá)文庫 的一個(gè)同義詞是表達(dá)表達(dá)庫(expression bank)。蛋白生物芯片或不顯示任何冗余(所謂的Uniclone 文庫)并且可以，例如 根據(jù)WO 99/57311和WO 99/57312的教導(dǎo)，被產(chǎn)生的相應(yīng)表達(dá)文庫是優(yōu)選的。這些優(yōu)選的 Uniclone文庫具有很大一部分cDNA表達(dá)文庫的無缺陷完全表達(dá)的蛋白。在本發(fā)明的環(huán)境中，所述克隆也可以是，但不限于，轉(zhuǎn)化的細(xì)菌，重組噬菌體或轉(zhuǎn) 化的哺乳動(dòng)物、昆蟲、真菌、酵母或植物的細(xì)胞。所述克隆被固定、點(diǎn)滴或固定化在固體支持物上。本發(fā)明因此涉及一種排列，其中所述標(biāo)記序列以克隆的形式存在。此外，所述標(biāo)記序列能夠以各種形式的融合蛋白存在，其包含，例如，至少一種親 和表位或“標(biāo)記”。所述標(biāo)記可以是這樣的一種，如包括c-myc、組氨酸標(biāo)記、精氨酸標(biāo)記、 FLAG、堿性磷酸酶、VS標(biāo)記、T7標(biāo)記或鏈霉素標(biāo)記、HAT標(biāo)記、NusA, S標(biāo)記、SBP標(biāo)記、硫氧 還蛋白、DsbA、融合蛋白，優(yōu)選地纖維素結(jié)合區(qū)域、綠色熒光蛋白、麥芽糖結(jié)合蛋白、鈣調(diào)蛋 白結(jié)合蛋白、谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶或lacZ。標(biāo)記序列也可以由若干單獨(dú)的標(biāo)記序列組成。這可以包括單個(gè)片段的克隆，以形 成一個(gè)大的常見片段，以及該組合片段的表達(dá)。在所有的實(shí)施方式中，術(shù)語“固體支持物”涵蓋各種實(shí)施方式，諸如過濾器、膜、磁 性或熒光團(tuán)標(biāo)記的珠、二氧化硅晶片、玻璃、金屬、陶瓷、塑料、芯片，用于質(zhì)譜的靶或基質(zhì)。 然而，依據(jù)本發(fā)明過濾器是優(yōu)選的。作為過濾器，還有PVDF、硝酸纖維素或尼龍是優(yōu)選的(如，Immobilon P Millipore> Protran Whatman> Hybond N+Amersham)。在依據(jù)本發(fā)明的排列的另一優(yōu)選的實(shí)施方式中，所述排列對(duì)應(yīng)于具有微量滴定盤 (8-12孔條帶、96孔、384孔或更多)、二氧化硅晶片、芯片、用于質(zhì)譜的靶位或基質(zhì)的尺寸的 網(wǎng)格。在進(jìn)一步實(shí)施方式中，本發(fā)明涉及用于鑒定和表征用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的物質(zhì)的 測(cè)定或蛋白生物芯片，其被表征為依據(jù)本發(fā)明的排列或測(cè)定是a.)與至少一種待測(cè)試的物 質(zhì)接觸和b.)檢測(cè)結(jié)合成功與否。而且，本發(fā)明涉及用于鑒定和表征用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的物質(zhì)的方法，其被表征 為依據(jù)本發(fā)明的排列或測(cè)定是a.)與至少一種待測(cè)試的物質(zhì)接觸和b.)檢測(cè)結(jié)合成功與否。待檢測(cè)的物質(zhì)可以是任何天然或非天然生物分子、合成的化學(xué)分子、混合物或物質(zhì)為文庫。在待測(cè)試物質(zhì)與標(biāo)記序列接觸后，檢測(cè)結(jié)合成功與否，例如，使用可商業(yè)獲得的圖 像分析軟件(GenePix Pro (Axon Laboratories)、Aida (Ray test)、ScanArray (Packard Bioscience)進(jìn)行。依據(jù)本發(fā)明的蛋白-蛋白相互作用(如，標(biāo)記序列上的蛋白，作為抗原/抗體)的 可視化或相應(yīng)的“檢測(cè)結(jié)合成功的方法”可以被實(shí)施，例如，使用熒光標(biāo)記、生物素化、放射 性同位素標(biāo)記，或膠體金或乳膠顆粒標(biāo)記以常見方式的進(jìn)行。對(duì)結(jié)合抗體的檢測(cè)借助第二 抗體實(shí)施，所述第二抗體用可商業(yè)獲得的報(bào)告分子(如，Cy、Alexa、DyomiCS、FITC或類似的熒光染料、膠體金或乳膠顆粒)標(biāo)記，或用報(bào)告酶，如堿性磷酸酶、辣根過氧化物酶等標(biāo)記，和相應(yīng)的比色、熒光或化學(xué)發(fā)光底物標(biāo)記。例如使用微陣列激光掃描儀、CCD相機(jī)或直觀地進(jìn)行讀數(shù)。在進(jìn)一步的實(shí)施方式中，本發(fā)明涉及藥物/活性物質(zhì)或藥物前體，其開發(fā)用于類 風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎并可通過使用依據(jù)本發(fā)明的測(cè)定或蛋白生物芯片獲得。本發(fā)明因此同樣地涉及依據(jù)本發(fā)明的排列或用于篩選類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的活性物 質(zhì)的測(cè)定的應(yīng)用。在進(jìn)一步的實(shí)施方式中，本發(fā)明因此同樣涉及用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎處理和治療的 靶，所述靶分別選自組SEQ1-488或其分別編碼的蛋白。在進(jìn)一步的實(shí)施方式中，本發(fā)明同樣涉及依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列的應(yīng)用，優(yōu)選地 以排列的形式，作為親和物質(zhì)用于實(shí)施單采血液成分術(shù)或在最廣的意義上實(shí)施血液灌洗， 其中來自患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者體液的物質(zhì)，如血液或血漿，與依據(jù)本發(fā)明的標(biāo)記序列 結(jié)合并隨后可以被選擇性地從體液中去除。實(shí)施例和附

圖10個(gè)或更多患者的樣本被單獨(dú)地相對(duì)cDNA表達(dá)文庫而被篩選。多個(gè)類風(fēng)濕性關(guān) 節(jié)炎特異的表達(dá)克隆通過與10個(gè)或更多健康的樣本比較被確定。所述標(biāo)記序列的身份通 過DNA測(cè)序被確定。圖1顯示了分別來自患者和健康測(cè)試對(duì)象的一個(gè)cDNA表達(dá)文庫的兩個(gè)蛋白生物 芯片之間的區(qū)分篩選。不同的克隆通過熒光標(biāo)記的方法被檢測(cè)并通過生物信息學(xué)的方法被 評(píng)估。表 A
權(quán)利要求
用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的標(biāo)記序列的應(yīng)用，其中選自組SEQ1-488的cDNA，或其分別編碼的蛋白，或分別地其部分序列或片段中的至少一個(gè)標(biāo)記序列在待檢查患者上被確定或從待檢查患者確定。
2.依據(jù)權(quán)利要求1所述的用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的標(biāo)記序列的應(yīng)用，其特征在于至 少2到5個(gè)或10個(gè)，優(yōu)選地30到50個(gè)標(biāo)記序列或50到100個(gè)或更多標(biāo)記序列在待檢查 患者上被確定或從待檢查患者確定。
3.依據(jù)權(quán)利要求1所述的用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的標(biāo)記序列的應(yīng)用，其特征在于 SEQ 1-20或SEQ 21-50或SEQ 51-100或SEQ401-488，或其分別編碼的蛋白，或分別地其部 分序列或片段在待檢查患者上被確定或從待檢查患者確定。
4.依據(jù)前述權(quán)利要求中任一所述的用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的標(biāo)記序列的應(yīng)用，其特 征在于所述確定通過體外診斷的方式進(jìn)行。
5.分別選自組SEQ1-488的cDNA或其分別編碼的蛋白或分別地其部分序列或片段的 標(biāo)記序列作為診斷試劑的應(yīng)用。
6.依據(jù)任一前述權(quán)利要求所述的用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的標(biāo)記序列的應(yīng)用，其特征 在于所述標(biāo)記序列被施用到固體支持物上，特別地過濾器、膜、磁性或熒光團(tuán)標(biāo)記的珠、二 氧化硅晶片、玻璃、金屬、陶瓷、塑料、芯片、用于質(zhì)譜的靶或基質(zhì)。
7.用于診斷類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，其中a.)選自組SEQ1-488的cDNA或其分別編碼的蛋白或分別地其部分序列或片段的標(biāo)記 序列被施用到固體支持物上，和b.)使其與患者的體液或組織提取物接觸，和c.)檢測(cè)所述體液或組織提取物與來自a.)的標(biāo)記序列之間的相互作用。
8.分級(jí)的方法，特別是患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者的風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)和治療控制，其中選自 組SEQ 1-488的cDNA，或其分別編碼的蛋白，或分別地其部分序列或片段中的至少一個(gè)標(biāo) 記序列在待檢查患者上被確定或從待檢查患者確定。
9.依據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述分級(jí)或治療控制涵蓋對(duì)于如下的決定患 者——特別是住院患者——的處理和治療，一種或多種藥物的使用、效果和/或劑量，治療 方法或疾病過程或治療過程的監(jiān)控或疾病的病原學(xué)或分級(jí)，以及預(yù)后。
10.標(biāo)記序列的排列，包含選自組SEQ1-488的cDNA或其分別編碼的蛋白的至少一個(gè) 標(biāo)記序列。
11.依據(jù)權(quán)利要求10所述的排列，其特征在于包含至少2到5或10個(gè)，優(yōu)選地30到 50個(gè)標(biāo)記序列，或50到100個(gè)或更多標(biāo)記序列。
12.依據(jù)權(quán)利要求10所述的排列，其特征在于所述標(biāo)記序列以克隆存在。
13.測(cè)定、蛋白生物芯片，包含依據(jù)權(quán)利要求10所述的排列，其特征在于所述標(biāo)記序列 被施用到固體支持物上。
14.依據(jù)權(quán)利要求10到12中任一項(xiàng)所述的排列或依據(jù)權(quán)利要求13所述的測(cè)定用于鑒 定和表征類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎物質(zhì)的應(yīng)用，包含檢測(cè)結(jié)合成功的手段，其特征在于排列或測(cè)定 a.)與至少一種待測(cè)試的物質(zhì)接觸和b.)檢測(cè)結(jié)合成功。
15.依據(jù)權(quán)利要求10到12中任一項(xiàng)所述的排列或依據(jù)權(quán)利要求13所述的測(cè)定用于篩 選類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的活性物質(zhì)的應(yīng)用。
16.用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎診斷的診斷試劑，其分別選自組SEQ1-488，或其分別編碼的 蛋白，或分別地其部分序列或片段。
17.用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎處理和治療的靶，其分別選自組SEQ1-488，或其分別編碼的 蛋白，或分別地其部分序列或片段。
18.選自組SEQ1-488的cDNA，或其分別編碼的蛋白，或分別地其部分序列或片段的標(biāo) 記序列作為親和物質(zhì)的應(yīng)用，用于對(duì)患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者進(jìn)行單采血液成分術(shù)或血 液灌洗。
全文摘要
本發(fā)明涉及用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的新型標(biāo)記序列及其診斷用途，以及依靠這些標(biāo)記序列篩選用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的潛在活性物質(zhì)。此外，本發(fā)明涉及包含該類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎標(biāo)記序列的診斷設(shè)備，特別是蛋白生物芯片及其使用。
文檔編號(hào)G01N33/564GK101842705SQ200880113661
公開日2010年9月22日 申請(qǐng)日期2008年9月3日 優(yōu)先權(quán)日2007年9月3日
發(fā)明者A·克瓦爾德, A·盧金, H·E·梅耶, J·比托 申請(qǐng)人:普羅塔根股份公司