一種含通用堿基寡核苷酸序列及其在dna雜交分析中的應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種含通用堿基寡核苷酸序列及其在DNA雜交分析中的應(yīng)用。所述含通用堿基寡核苷酸序列包括基本堿基和通用堿基，所述基本堿基與目標(biāo)序列完全互補(bǔ)，其中包括與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本堿基；所述通用堿基不能對應(yīng)目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)，位于與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本堿基的一側(cè)或兩側(cè)；所述基本堿基為A、G、C、T，所述通用堿基是與A、G、C、T都能形成氫鍵配對的核苷。本發(fā)明的最大優(yōu)點(diǎn)是實(shí)現(xiàn)了DNA序列中單堿基錯配的有效分析。
【專利說明】—種含通用堿基寡核苷酸序列及其在DNA雜交分析中的應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及寡核苷酸領(lǐng)域，具體涉及一種含通用堿基寡核苷酸序列及其在DNA雜交分析中的應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002]隨著人類基因組進(jìn)化的完成，對人類基因組的研究從測定DNA序列、解釋所有遺傳信息的研究層面轉(zhuǎn)移到從分子整體水平對生物學(xué)功能進(jìn)行研究的層面上來，從而更好利用基因信息進(jìn)行疾病診斷、治療和預(yù)防，達(dá)到認(rèn)識生命、保護(hù)生命的目的。研究與遺傳表型相關(guān)的DNA序列變異是遺傳學(xué)研究的主題之一，人類基因組序列的變異大多數(shù)是單核苷酸的改變(single nucleotide variation, SNV)(包括單核苷酸多態(tài)性(single nucleotidepolymorphism, SNP)和點(diǎn)突變(Mutation)),而且在不同的人群中，SNV的頻率分布有差異，這些差異可以代表某一種族或人群間的遺傳差異。因此，研究SNV有助于解釋個體的表型差異、不同群體和個體對疾病，特別是對復(fù)雜疾病的易感性，以及對各種藥物的耐受性和對環(huán)境因子的反應(yīng)。SNV自身的特性決定了它比其他多態(tài)性標(biāo)記更適合于對復(fù)雜性狀與疾病關(guān)系的遺傳解剖和基于群體的基因識別等方面的研究。SNV可以被用作遺傳標(biāo)記進(jìn)行連鎖分析，定位疾病易感基因，而且其定位的精度比微衛(wèi)星標(biāo)記精細(xì)得多，可以直接用于指導(dǎo)易感基因克隆。正像許多研究者認(rèn)為:對于這些分子標(biāo)記的認(rèn)識將會使哮喘、糖尿病、精神分裂癥和癌癥等疾病相關(guān)基因的發(fā)現(xiàn)變得簡單，同時SNV也可以被用作疾病的關(guān)聯(lián)分析。目前應(yīng)用于SNV位點(diǎn)的分型方法主要基于四種基本原理:即內(nèi)切酶酶切技術(shù)、等位基因特異性雜交、引物延伸和寡核苷酸連接技術(shù)?；诿盖屑夹g(shù)檢測方法的前提是待檢測的SNV位點(diǎn)的兩側(cè)需含有限制性內(nèi)切酶識別序列，因此SNV位點(diǎn)不導(dǎo)致酶切位點(diǎn)的改變的序列則無法分析。而其余三種技術(shù)在原理上對分析序列則無任何限制，并且可以結(jié)合基因芯片技術(shù)進(jìn)行高通量分析。
[0003]基因芯片(gene chip),也叫DNA芯片、DNA微陣列(DNA microarray)、寡核昔酸陣列(Oligonucleotide array),是在玻片等載體上有序地、高密度地固定不同的祀序列或寡核苷酸片段。目前，基因芯片已廣泛用于發(fā)現(xiàn)疾病相關(guān)基因、建立疾病診斷指標(biāo)和基礎(chǔ)生物學(xué)及醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域?；蛐酒粋€最重要的應(yīng)用是分析和檢測不同有機(jī)體基因組之間的序列差異，這些差異主要包括突變和單核苷酸多態(tài)性。盡管基因芯片結(jié)合其它技術(shù)衍生出諸多不同的SNV分析技術(shù):如基于DNA芯片的雜交分型技術(shù)；基于DNA芯片的單堿基延伸-標(biāo)簽分型技術(shù)；基于DNA芯片的寡核苷酸連接分型技術(shù)；基于DNA芯片和多重PCR擴(kuò)增的分型方法等。但這些技術(shù)的核心本質(zhì)實(shí)際上就是以大規(guī)模集成的固相雜交技術(shù)為前提的，每個分析序列都需要與探針序列有特異性的雜交，因此特異性探針序列的雜交是這些分析方法準(zhǔn)確性的一個十分重要的指標(biāo)。
[0004]現(xiàn)有基因芯片中特異性探針序列的是由喊基A、G、C、T組成，根據(jù)目標(biāo)對象的序列、按照特定的Tm值來設(shè)計的。探針序列設(shè)計可以調(diào)變的方式包括序列的長度和種類，即通過選定目標(biāo)序列一段或者幾段序列，設(shè)計出與目標(biāo)序列匹配的一條或者多條探針序列，最后通過以雜交為本質(zhì)的分析技術(shù)實(shí)施對樣品的信號檢測，得出目標(biāo)樣品的遺傳信息(基因序列及基因表達(dá)的信息)。很明顯，這種通過選定某個特定片段作為雜交區(qū)域，只能依靠改變堿基數(shù)目這一個條件來確定Tm值的探針序列設(shè)計方式無疑受到了很大的限制。一方面，對于數(shù)目較多的DNA芯片而言，要將所有序列盡可能設(shè)計成相近的Tm值本身就是一個困難；另一方面，即使DNA芯片上所有序列設(shè)計的Tm值相近，但能否有效區(qū)分單堿基錯配也存在問題，因為單堿基錯配的區(qū)分往往需要更苛刻的條件才能實(shí)現(xiàn)，如在優(yōu)化雜交溫度降低非特異性序列雜交的前提下，還需要通過強(qiáng)化清洗的強(qiáng)度(如在特定溫度下進(jìn)行洗滌)、或者采用電場電泳等手段，來清除非特異性雜交的探針序列。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明的目的是提供一種含通用堿基寡核苷酸序列，通過在寡核苷酸序列中引入通用堿基，利用其能夠和四個基本堿基形成弱氫鍵配對的特點(diǎn)，有效區(qū)分單堿基錯配序列，解決了現(xiàn)有技術(shù)中不能有效區(qū)分單堿基錯配的問題。本發(fā)明還提供了該含通用堿基寡核苷酸序列在DNA雜交分析中的應(yīng)用。
[0006]為解決上述問題，本發(fā)明采用以下技術(shù)方案:
[0007]一種含通用堿基寡核苷酸序列，所述含通用堿基寡核苷酸序列包括基本堿基和通用堿基，所述基本堿基與目標(biāo)序列完全互補(bǔ)，其中包括與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本堿基；所述通用喊基不能對應(yīng)目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)，位于與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本喊基的一側(cè)或兩側(cè)；所述基本堿基為A、G、C、T，所述通用堿基是與A、G、C、T都能形成氫鍵配對的核苷。
[0008]所述基本堿基為11-50個；所述通用堿基為1-8個。
[0009]所述基本堿基為13-18個；所述通用堿基為2-4個。
[0010]所述通用堿基為次黃嘌呤脫氧核苷、2’脫氧核糖-3’硝基吡咯或2’脫氧核糖-5’硝基吲哚。
[0011]所述含通用堿基寡核苷酸序列包含標(biāo)記物或不包含標(biāo)記物。
[0012]上述含通用堿基寡核苷酸序列在DNA雜交分析中的應(yīng)用。
[0013]上述含通用堿基寡核苷酸序列在DNA雜交芯片分析中的應(yīng)用。
[0014]本發(fā)明的原理:在核酸中有一類通用核苷能夠和A、G、C、T四個基本堿基通過形成氫鍵而實(shí)現(xiàn)配對，這類核苷被稱為通用堿基，其種類眾多，如次黃嘌呤脫氧核苷(脫氧肌苷)、2’脫氧核糖-3’硝基吡咯等。本發(fā)明就是通過在序列中引入通用堿基，利用其能夠和四個基本堿基形成弱氫鍵配對的特點(diǎn)，有效區(qū)分單堿基錯配序列。在序列中引入一個或者若干個通用堿基，該序列的濃度動力學(xué)因素會得到加強(qiáng)，而熱力學(xué)因素會得到減弱。一方面，對于完全匹配的序列而言，雖然含通用堿基序列與完全匹配序列雜交形成雙螺旋結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性相對于以前由正常堿基序列與完全匹配序列雜交形成雙螺旋結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性要低，但仍然能夠保障雜交的有效實(shí)施，維持其正常的生物化學(xué)功能；而對于單堿基錯配序列而言，除了錯配堿基外，又增加了形成雙螺旋結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性更低的通用堿基，那么這種穩(wěn)定性就比原來正常堿基序列要低更多，因此，在一個容易操作的條件下，含通用堿基序列與單堿基錯配序列這種雙螺旋結(jié)構(gòu)就可能不能形成，或者遭到破壞，這樣就能夠有效區(qū)分單堿基錯配序列。
[0015]本發(fā)明的有益效果:
[0016]1.本發(fā)明的最大優(yōu)點(diǎn)是實(shí)現(xiàn)了 DNA序列中單堿基錯配的有效分析。在保障序列與完全匹配序列維持有效雜交和正常生物化學(xué)功能條件下，大幅度降低單堿基錯配序列的雜交穩(wěn)定性，提高單堿基錯配的區(qū)分能力，增加核酸序列中SNV分析的準(zhǔn)確性，為分析核酸序列中SNV提供一種準(zhǔn)確，重復(fù)性好，快速和便宜的分型技術(shù)。
[0017]2.本發(fā)明含通用堿基寡核苷酸序列可以采用傳統(tǒng)的DNA化學(xué)合成法制備得到，其使用方法和操作步驟均按照流行的分子生物學(xué)方法進(jìn)行，容易在現(xiàn)有的技術(shù)上實(shí)施。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0018]圖1是傳統(tǒng)探針和含通用堿基探針分別與固定的DNA序列的雜交模式
[0019]a、DNA序列與完全互補(bǔ)傳統(tǒng)探針序列的雜交；b、DNA序列與單堿基錯配傳統(tǒng)探針序列的雜交；c、DNA序列與完全互補(bǔ)含通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷探針序列的雜交；d、DNA序列與單堿基錯配含通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷探針序列的雜交。
[0020]圖2是固定的傳統(tǒng)探針和含通用堿基探針分別與標(biāo)記DNA序列的雜交模式
[0021]a、傳統(tǒng)探針序列與標(biāo)記DNA序列的完全互補(bǔ)雜交；b、傳統(tǒng)探針序列與標(biāo)記DNA序列有一個單堿基錯配的雜交；c、含通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷探針序列與標(biāo)記DNA序列的完全互補(bǔ)雜交；d、含通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷探針序列與標(biāo)記DNA序列有一個單堿基錯配的雜交。
[0022]圖3是80個樣本線粒體突變位點(diǎn)C3206T的DNA芯片分析結(jié)果Cy3掃描圖。
[0023]圖4是80個樣本線粒體突變位點(diǎn)C3206T的DNA芯片分析結(jié)果Cy5掃描圖。
[0024]圖5是人類rs988748位點(diǎn)的DNA芯片分析結(jié)果Cy3掃描圖
[0025]a、野生型純合子Cy3掃描圖；b、雜合子Cy3掃描圖；c、突變型純合子Cy3掃描圖。
【具體實(shí)施方式】
[0026]下面結(jié)合實(shí)施例和附圖對本發(fā)明做更進(jìn)一步的解釋。下列實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明，但并不用來限定本發(fā)明的實(shí)施范圍。
[0027]一種含通用堿基寡核苷酸序列，所述含通用堿基寡核苷酸序列包括基本堿基和通用堿基，所述基本堿基與目標(biāo)序列完全互補(bǔ)，其中包括與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本堿基；所述通用喊基不能對應(yīng)目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)，位于與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本喊基的一側(cè)或兩側(cè)，這樣可以確保序列雜交的特異性；所述基本堿基為A、G、C、T ;所述通用堿基是與A、G、C、T都能形成氫鍵配對的核苷，包括但不局限于次黃嘌呤脫氧核苷、2’脫氧核糖-3’硝基吡咯、2’脫氧核糖_5’硝基吲哚等。
[0028]所述含通用堿基寡核苷酸序列中的基本堿基和通用堿基的序列和數(shù)目是根據(jù)具體的分析目標(biāo)序列來設(shè)計，并最終通過實(shí)驗確定的。含通用堿基寡核苷酸序列的Tm值與實(shí)驗的雜交溫度相關(guān)，一般高于雜交溫度I~5°C?；緣A基和通用堿基的數(shù)目應(yīng)盡可能小，一般為11-50個,其中通用堿基的數(shù)目為1-8個；優(yōu)選地為13-18個,其中通用堿基的數(shù)目為2-4個。該含通用堿基寡核苷酸序列能夠與目標(biāo)互補(bǔ)序列完成正常的雜交反應(yīng)，并維持雜交序列的延伸(合成)，連接等生物化學(xué)功能，用于DNA芯片中對核酸序列的分析；但對單堿基錯配序列不能形成雙螺旋雜交結(jié)構(gòu)，或者雖然能夠形成不穩(wěn)定的雙螺旋結(jié)構(gòu)，但這種雙螺旋結(jié)構(gòu)能夠在溫和條件下被破壞。
[0029]所述含通用堿基寡核苷酸可以包含標(biāo)記物，也可以不包含標(biāo)記物。包含標(biāo)記物的含通用堿基寡核苷酸序列直接用于DNA雜交檢測，尤其是DNA芯片雜交及檢測；不含標(biāo)記物的含通用堿基寡核苷酸先與目標(biāo)序列雜交，然后雜交的寡核苷酸序列通過延伸、連接等生化反應(yīng)實(shí)現(xiàn)對目標(biāo)序列的檢測。
[0030]如圖1所示，圖中檢測序列I為DNA (如PCR產(chǎn)物)序列的局部；探針2和3是由堿基A、G、C、T構(gòu)成的傳統(tǒng)雜交探針，其中探針2與檢測序列I完全互補(bǔ)，而探針3與檢測序列I有一個單堿基錯配；探針4和5是引入通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷(I)的本發(fā)明的雜交探針，其中探針4與檢測序列I完全互補(bǔ)，而探針5與檢測序列I有一個單堿基錯配；顏料6和7為標(biāo)記不同的的熒光分子。在傳統(tǒng)雜交探針中，由于探針3和檢測序列I之間只有一個堿基錯配，而其余堿基均正配，因此需要嚴(yán)格的雜交和雜交后處理條件，才能保障探針3和檢測序列I之間不發(fā)生雜交；而在含通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷的本發(fā)明的雜交探針5而言，對于與檢測序列I之間的雜交，除了單個錯配堿基外，又增加了形成雙螺旋結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性更低的通用堿基，因此在一個容易操作的條件下，這種雙螺旋結(jié)構(gòu)就可能不能形成，而只有探針4能夠與檢測序列形成雜交，而探針5則不能與檢測序列形成雜交。
[0031]如圖2所示，圖中檢測序列8為標(biāo)記DNA(如PCR產(chǎn)物)序列的局部；探針9和10是由堿基A、G、C、T構(gòu)成的傳統(tǒng)雜交探針，其中探針9與檢測序列8完全互補(bǔ)，而探針10與檢測序列8有一個單堿基錯配；探針11和12是引入通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷(I)的本發(fā)明的雜交探針，其中探針11與檢測序列8完全互補(bǔ)，而探針12與檢測序列8有一個單堿基錯配；顏料6為標(biāo)記的的熒光分子。在傳統(tǒng)雜交探針中，由于探針10和檢測序列8之間只有一個堿基錯配，而其余堿基均正配，因此需要嚴(yán)格的雜交和雜交后處理條件，才能保障探針10和檢測序列8之間不發(fā)生雜交；而在含通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷的本發(fā)明的雜交探針11和12而言，而只有探針11能夠與檢測序列形成雜交，而探針12則不能與檢測序列形成雜交。
[0032]實(shí)施例1人類線粒體突變位點(diǎn)C3206T分析
[0033](I)、DNA 提取
[0034]80個外周血樣品采用傳統(tǒng)的蛋白激酶K與苯酚/氯仿抽提法提取外周血中的基因組 DNA。
[0035](2)、PCR 反應(yīng)
[0036]正向引物SEQ ID N0:1所示(5,氨基修飾(NH2)):
[0037]5' -NH2-TTTTTTTTTTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCG-3'
[0038]反向引物SEQ ID NO:2所示:
[0039]5' -GGGCTCTGCCATCTTAACAAA-3'
[0040]采用上述正向引物和反向引物對不同的DNA樣本中含線粒體突變位點(diǎn)C3206T的片段進(jìn)行了 PCR擴(kuò)增。25 μ I的PCR擴(kuò)增體系包含:200ng基因組DNA，0.2mM dNTP, 0.8 μ M的正向引物和0.8 μ M反向引物，IU Taq DNA聚合酶，I X擴(kuò)增緩沖液，1.5mMMgCl2。擴(kuò)增條件:94°C預(yù)變性5分鐘，35個熱循環(huán):94°C變性30秒~55°C退火45秒~72°C延伸45秒，最后72°C延伸7分鐘，得到PCR產(chǎn)物。[0041](3)、PCR產(chǎn)物的處理
[0042]加4倍PCR產(chǎn)物量的_20°C的95%乙醇于PCR產(chǎn)物中，在_20°C冷凍狀態(tài)下放置3小時，10000轉(zhuǎn)速下離心4分鐘，將上層清液移出，并在50°C干燥30分鐘，得到PCR乙醇純化沉淀物。
[0043](4)、DNA芯片的制備
[0044]用含I~2%的1- (3- 二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亞胺鹽酸鹽的水溶液溶解PCR乙醇純化沉淀物,并將溶解物轉(zhuǎn)移到384孔板中，用DNA芯片點(diǎn)樣儀點(diǎn)樣，每個樣本重復(fù)4次，制備PCR產(chǎn)物DNA芯片。點(diǎn)樣完成后，DNA芯片在37°C，濕度80%的條件下水化3h，然后分別用2XSSC/0.5%SDS、0.1XSSC/0.5%SDS、雙蒸水洗滌DNA芯片，其中SSC表示檸檬酸鈉緩沖液，SDS表示十二烷基磺酸鈉。
[0045](5)、DNA芯片的雜交
[0046]用含有通用堿基次黃嘌呤脫氧核苷(I)的探針雜交PCR產(chǎn)物DNA芯片，I μ M的探針混合雜交液(0.5 μ M探針一檢測野生型，0.5 μ M探針二檢測突變型)均勻分布到PCR產(chǎn)物DNA芯片上，然后用蓋玻片覆蓋反應(yīng)區(qū)域，并且減少反應(yīng)液的蒸發(fā)，在37°C反應(yīng)0.5h。
[0047]探針一 SEQ ID NO: 3所示(5' Cy3熒光染料標(biāo)記(Cy3 )):
[0048]5' -Cy3 - GGIIGTGGGIITA-3'
[0049]探針二 SEQ ID NO:4所示(5' Cy5熒光染料標(biāo)記(Cy5)):
[0050]5' -Cy5-GGIIGTAGGIITA-3;
[0051](6)、雜交信號的獲取與分析
[0052]雜交反應(yīng)完成后，分別用2 X SSC/0.5%SDS, 0.1 X SSC/0.5%SDS洗滌液洗滌DNA芯片，最后用用雙蒸水清洗玻片上的洗滌液，然后將DNA芯片用掃描儀掃描Cy3和Cy5的熒光信號。如圖3和圖4所示，80個樣本的分析結(jié)果表明，按照樣本在384孔板中的順序，除第
4、34、35、36、38、39、79為突變型外，其余樣本均為野生型。
[0053]實(shí)施例2人類rs988748位點(diǎn)的SNP檢測
[0054](1)、DNA芯片的制備
[0055]將2個檢測人類rs988748位點(diǎn)的探針三和探針?biāo)?，分別用含I~2%的1- (3_ 二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亞胺鹽酸鹽的水溶液配制成4μ M的探針濃度，并轉(zhuǎn)移到384孔板中，用DNA芯片點(diǎn)樣儀點(diǎn)樣，每個樣本重復(fù)2次，制備2 X 2陣點(diǎn)的DNA芯片。點(diǎn)樣完成后，DNA芯片在37°C，濕度80%的條件下水化3h，然后分別用2XSSC/0.5%SDS、0.1 X SSC/0.5%SDS、雙蒸水洗滌DNA芯片。
[0056]探針三SEQ ID NO: 5所示(5'氨基修飾(NH2 )):
[0057]5' -NH2-TTTTTTTTTTAGGnCTCTGI IGTA-3'
[0058]探針?biāo)腟EQ ID N0:6所示(5'氨基修飾(NH2)):
[0059]5' -NH2-TTTTTTTTTTAGGnCTGTGI IGTA-3'
[0060](2)、PCR 反應(yīng)
[0061]正向引物SEQ ID NO:7所示:
[0062]5' -TAGGGTTCCTCCAGTCCTTT-3'
[0063]反向引物SEQ ID NO:8所示:
[0064]5' -CAGCACAGATGGCAGAGTTTA-3'[0065]采用上述正向引物和反向引物對DNA樣本進(jìn)行非對稱PCR擴(kuò)增。25 μ I的PCR擴(kuò)增體系包含:200ng從人血液樣本中提取的基因組DNA，0.2mM dNTP (其中Cy3_dCTP/dCTP=4/6)，0.2μΜ的正向引物和2.4μΜ反向引物，IU Taq DNA聚合酶，I X擴(kuò)增緩沖液，1.5mM MgCl20擴(kuò)增條件:94°C預(yù)變性5分鐘，40個熱循環(huán):95°C變性20秒~57°C退火30秒~72°C延伸30秒，最后72°C延伸5分鐘。
[0066](3)、DNA芯片的雜交
[0067]將PCR反應(yīng)液加熱至95°C，然后在冰上快速冷卻，并將冷卻后的PCR反應(yīng)液均勻分布到DNA芯片上，然后用蓋玻片覆蓋反應(yīng)區(qū)域，并且減少反應(yīng)液的蒸發(fā)，在37°C反應(yīng)0.5h。
[0068](4)、雜交信號的獲取與分析
[0069]雜交反應(yīng)完成后，分別用2 X SSC/0.5%SDS, 0.1 X SSC/0.5%SDS洗滌液洗滌DNA芯片，然后用雙蒸水清洗DNA芯片上的洗滌液，最后將DNA芯片用掃描儀掃描Cy3的熒光信號。按照2個探針在DNA芯片上的位置分布，如果DNA芯片只有探針三具有明顯的Cy3的熒光信號，則可以判斷樣本的rs988748位點(diǎn)為野生型純合子如圖5a所示；如果DNA芯片只有探針?biāo)木哂忻黠@的Cy3的熒光信號，則可以判斷樣本的rs988748位點(diǎn)為突變型純合子，如圖5c所示；如果DNA芯片探針三和探針?biāo)木哂忻黠@的Cy3的熒光信號，則可以判斷樣本的rs988748位點(diǎn)為雜合子圖5b所示。
【權(quán)利要求】
1.一種含通用堿基寡核苷酸序列，其特征在于，所述含通用堿基寡核苷酸序列包括基本堿基和通用堿基，所述基本堿基與目標(biāo)序列完全互補(bǔ)，其中包括與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本堿基；所述通用堿基不能對應(yīng)目標(biāo)序列SNV位點(diǎn),位于與目標(biāo)序列SNV位點(diǎn)對應(yīng)的基本堿基的一側(cè)或兩側(cè)；所述基本堿基為A、G、C、T，所述通用堿基是與A、G、C、T都能形成氫鍵配對的核苷。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的含通用堿基寡核苷酸序列，其特征在于，所述基本堿基為11-50個；所述通用堿基為1-8個。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的含通用堿基寡核苷酸序列，其特征在于，所述基本堿基為13-18個；所述通用堿基為2-4個。
4.根據(jù)權(quán)利要求1或2或3所述的含通用堿基寡核苷酸序列，其特征在于，所述通用堿基為次黃嘌呤脫氧核苷、2’脫氧核糖-3’硝基吡咯或2’脫氧核糖-5’硝基吲哚。
5.根據(jù)權(quán)利要求1或2或3所述的含通用堿基寡核苷酸序列，其特征在于，所述含通用堿基寡核苷酸序列包含標(biāo)記物或不包含標(biāo)記物。
6.權(quán)利要求1或2或3所述的含通用堿基寡核苷酸序列在DNA雜交分析中的應(yīng)用。
7.權(quán)利要求1或2或3所述的含通用堿基寡核苷酸序列在DNA雜交芯片分析中的應(yīng)用。`
【文檔編號】C12N15/11GK103484458SQ201310469720
【公開日】2014年1月1日 申請日期:2013年10月10日 優(yōu)先權(quán)日:2013年10月10日
【發(fā)明者】肖鵬峰, 劉必成, 錢曉婷, 王柳, 陳玲 申請人:東南大學(xué)