胺）-1-尿喀晚基、5-(N-色氨基駿基酷胺）-1-尿喀晚基、5-(N-[l-(3-S甲 基錠）丙基]駿基酷胺）-1-尿喀晚基氯化物、5-(N-蒙基甲基駿基酷胺）-1-尿喀晚基、 5- (N-[l- (2, 3-二哲基丙基）]駿基酷胺）-1-尿喀晚基、7-脫氮-7-艦-9-腺嚷嶺基、7-脫 氮-7-艦-9-鳥(niǎo)嚷嶺基、7-脫氮-7-漠-9-腺嚷嶺基、7-脫氮-7-漠-9-鳥(niǎo)嚷嶺基、1-異胞 巧基和9-異脈基。
16. 權(quán)利要求1-8或14-15任一項(xiàng)的適配體，其中所述適配體包含選自W下組的糖 修飾；2' -甲基、2' -〇-甲基（2, -〇Me)、2' -〇-締丙基、2' -氣（2, -F)、2' -氨基（2,-畑2)和 2'-疊氮。
17. 權(quán)利要求1-8或14-16任一項(xiàng)的適配體，其中所述適配體包含選自W下組的差向異 構(gòu)體糖部分；1-阿拉伯糖基、1-木糖基和1-來(lái)蘇糖基及其a-異頭類似物。
18. 權(quán)利要求1-8或14-17任一項(xiàng)的適配體，其中所述適配體包含至少一個(gè)額外的修 飾，所述額外的修飾包含選自W下組的磯酸部分的主鏈修飾；P (0) S (硫代醋）、P (巧S (二硫 代醋）、P (0)(卿）（酷胺醋）、P做R、P做OR'、C0和邸2,其中R和R'獨(dú)立地是H、芳基、締 基、環(huán)燒基、環(huán)締基、芳燒基和。_2。燒基，任選含有離（-0-)鍵。
19. 具有W下結(jié)構(gòu)的化合物：
并且其中Z = R+(CH2)。連接基團(tuán)，其中n = 1、2或3,并且其中R選自W下基團(tuán)：
o
20. 具有W下結(jié)構(gòu)的化合物：
并且其中Z = R+(CH2)。連接基團(tuán)，其中n = 1、2或3,并且其中R是：
〇
21. 具有W下結(jié)構(gòu)的化合物：
并且其中Z = R+(CH2)。連接基團(tuán)，其中n = 1、2或3,并且其中R是：
〇
22. 具有W下結(jié)構(gòu)的化合物：


并且其中Z = R+(CH2)。連接基團(tuán)，其中n = 1、2或3,并且其中R是：
〇
23. 鑒別能與祀分子結(jié)合的適配體的方法，其中所述適配體與其祀分子具有慢解離速 率，所述方法包含： (a)將候選混合物與祀分子接觸形成樣品混合物，其中所述候選混合物包含修飾的核 酸，其中至少一個(gè)或每個(gè)核酸中的一個(gè)、若干個(gè)或者所有喀晚在5-位置被化學(xué)修飾，其中 修飾的喀晚選自權(quán)利要求19-22任一項(xiàng)的化合物，并且允許形成核酸-祀復(fù)合物，其中當(dāng)核 酸對(duì)祀具有親和性時(shí)，形成核酸-祀復(fù)合物； 化）稀釋所述樣品混合物； (C)將核酸-祀分子復(fù)合物與剩余的候選混合物分開(kāi)； (d)解離核酸-祀分子復(fù)合物W產(chǎn)生游離核酸，并且其中至少一種來(lái)自游離核酸的核 酸能與祀分子結(jié)合； 從而可W鑒別祀分子的適配體。
24. 權(quán)利要求23的方法，進(jìn)一步包含； a. (i)使含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物建立平衡結(jié)合； (ii) 在步驟（i)之后，稀釋含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物；及 (iii) 在步驟（ii)之后，保溫含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物； b. (i)使含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物建立平衡結(jié)合； (ii) 在步驟（i)之后，將含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物與至少一種競(jìng)爭(zhēng)劑分 子混合，其中所述競(jìng)爭(zhēng)劑分子包含聚陰離子； (iii) 在步驟（ii)之后，保溫含有競(jìng)爭(zhēng)劑與核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物；或者 C. (i)使含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物建立平衡結(jié)合； (ii) 在步驟（i)之后，將含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物與至少一種競(jìng)爭(zhēng)劑分 子混合，其中所述競(jìng)爭(zhēng)劑分子包含聚陰離子； (iii) 在步驟（i)之后，稀釋含有核酸-祀分子復(fù)合物的候選混合物；及 (iv) 保溫含有競(jìng)爭(zhēng)劑和核酸-祀分子復(fù)合物的稀釋的候選混合物。
25. 鑒別或產(chǎn)生與其祀分子具有慢解離速率的適配體的方法，所述方法包括： (a)將候選混合物與祀分子接觸，其中所述候選混合物包含修飾的核酸，其中至少一個(gè)
或每個(gè)核酸中的一個(gè)、若干個(gè)或者所有喀晚在5-位置被化學(xué)修飾，其中修飾的喀晚選自權(quán) 利要求19-22任一項(xiàng)的化合物，其中相對(duì)于候選混合物中其它核酸與祀分子具有增加的親 和性的核酸結(jié)合所述祀分子，形成核酸-祀分子復(fù)合物； 化）將所述候選混合物與祀分子一起保溫足W實(shí)現(xiàn)平衡結(jié)合的一段時(shí)間； (C)在步驟化）的混合物中加入過(guò)量的至少一種競(jìng)爭(zhēng)劑分子，其中所述競(jìng)爭(zhēng)劑包含聚 陰離子； (d) 將步驟（C)的候選混合物、祀分子/適配體復(fù)合物W及競(jìng)爭(zhēng)劑分子保溫預(yù)定的時(shí) 間； (e) 將所述核酸-祀分子復(fù)合物與候選混合物分開(kāi)； (f) 解離所述核酸-祀分子復(fù)合物W產(chǎn)生游離核酸； (g) 擴(kuò)增所述游離核酸W產(chǎn)生富含能W增加的親和性結(jié)合祀分子的核酸序列的核酸的 混合物， 從而可W鑒別祀分子的適配體。
26. 權(quán)利要求25的方法，其中所述方法進(jìn)一步包括如下步驟： 化）重復(fù)步驟化)-(g) -或多次；及 (i)鑒別祀分子的至少一個(gè)適配體，其中所述適配體與其祀分子具有相對(duì)慢解離速率。
27. 權(quán)利要求25或26的方法，其中步驟（d)的預(yù)定的時(shí)間是至少5分鐘。
28. 權(quán)利要求25-27任一項(xiàng)的方法，進(jìn)一步包括W下步驟： a. 對(duì)步驟（g)的游離核酸的核酸或者步驟（g)的混合物的核酸進(jìn)行測(cè)序的步驟，從而 鑒別所述祀的適配體；或者 b. 基于由此鑒別的適配體的序列制備或合成適配體。
29. 鑒別能與祀結(jié)合的適配體的方法，其中所述適配體與其祀分子具有慢解離速率，所 述方法包含： (a)將候選混合物與祀分子接觸形成樣品混合物，其中所述候選混合物包含修飾的核 酸，其中至少一個(gè)或每個(gè)核酸中的一個(gè)、若干個(gè)或者所有喀晚在5-位置被化學(xué)修飾，其中 修飾的喀晚選自權(quán)利要求19-22任一項(xiàng)的化合物，并且允許形成核酸-祀復(fù)合物，其中當(dāng)核 酸對(duì)祀具有親和性時(shí)，形成核酸-祀復(fù)合物； 化）在樣品混合物中加入至少一種競(jìng)爭(zhēng)劑分子，其中所述競(jìng)爭(zhēng)劑包含聚陰離子； (C)將核酸-祀分子復(fù)合物與剩余的候選混合物分開(kāi)； (d)解離核酸-祀分子復(fù)合物W產(chǎn)生游離核酸，并且其中至少一種來(lái)自游離核酸的核 酸能與祀分子結(jié)合，從而可W鑒別祀分子的適配體。
30. 鑒別能與祀結(jié)合的適配體的方法，所述方法包含： (a)將候選混合物與祀分子接觸形成樣品混合物，并且允許形成核酸-祀復(fù)合物，其中 當(dāng)核酸對(duì)祀具有親和性時(shí)，形成核酸-祀復(fù)合物； 化）在候選混合物與祀分子的所述接觸之前或之后，在候選混合物中加入至少一種競(jìng) 爭(zhēng)劑混合物，其中所述競(jìng)爭(zhēng)劑混合物包含人血清白蛋白、酪蛋白和凝血酶原； (C)將核酸-祀分子復(fù)合物與剩余的候選混合物分開(kāi)； (d)解離核酸-祀分子復(fù)合物W產(chǎn)生游離核酸，并且其中至少一種來(lái)自游離核酸的核 酸能與祀分子結(jié)合，從而可W鑒別祀分子的適配體。
31. 權(quán)利要求23-30任一項(xiàng)的方法，其中所述候選混合物是單鏈核酸或者雙鏈核酸。
32. 權(quán)利要求23-31任一項(xiàng)的方法，其中所述候選混合物包含DNA或RNA。
33. 權(quán)利要求23-32任一項(xiàng)的方法，其中所述祀分子選自蛋白質(zhì)、糖蛋白、受體、膚、抗 體和病毒。
34. 權(quán)利要求23-33任一項(xiàng)的方法，其中候選混合物的核酸中所有T殘基和/或所有U 殘基、和/或所有C殘基均在5-位置被化學(xué)修飾。
35. 權(quán)利要求23-34任一項(xiàng)的方法，其中被鑒別或產(chǎn)生的適配體的解離速率（ti/2)大于 或等于30分鐘。
36. 權(quán)利要求24、25或29任一項(xiàng)的方法，其中所述聚陰離子選自肝素、萄醋DNA、蛙精 DNA、tRNA、硫酸葡聚糖、聚葡聚糖、無(wú)堿基磯酸二醋聚合物、dNTP W及焦磯酸鹽/醋。
37. 權(quán)利要求23-24或29-30任一項(xiàng)的方法，其進(jìn)一步包含重復(fù)步驟（a)-(g) -或多 次。
38. 權(quán)利要求23-24或29-37任一項(xiàng)的方法，其進(jìn)一步包含對(duì)由此鑒別的適配體測(cè)序的 步驟。
39. 權(quán)利要求38的方法，其進(jìn)一步包含基于由此鑒別的適配體的序列制備或合成適配 體。
40. 由權(quán)利要求23-39任一項(xiàng)的方法鑒別的適配體。
41. 適配體，其包含由權(quán)利要求23-39任一項(xiàng)的方法鑒別的適配體的序列。
42. 權(quán)利要求1-8或14-18任一項(xiàng)的適配體，其中所述祀選自蛋白質(zhì)、糖蛋白、受體、膚、 抗體和病毒。
【專利摘要】本發(fā)明描述了產(chǎn)生能結(jié)合靶分子的適配體的改良的SELEX方法，以及產(chǎn)生能結(jié)合且共價(jià)交聯(lián)靶分子的光反應(yīng)性適配體的改良的光SELEX方法。特別地，本發(fā)明描述了產(chǎn)生與使用先前的SELEX和光SELEX方法獲得的適配體相比具有更慢的解離速率常數(shù)的適配體和光適配體的方法。本發(fā)明進(jìn)一步描述了與使用先前方法獲得的適配體和光適配體相比具有更慢的解離速率常數(shù)的適配體和光適配體。此外，本發(fā)明描述了包含多種功能性的適配體構(gòu)建體，其包括可裂解元件、檢測(cè)元件以及捕獲或固定元件。
【IPC分類】C12Q1-68, C12N15-115
【公開(kāi)號(hào)】CN104593373
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201510086825
【發(fā)明人】D·濟(jì)奇, S·K.·威爾科克斯, C·博克, D·J.·施奈德, B·伊頓, L·戈?duì)柕?
【申請(qǐng)人】私募蛋白質(zhì)體公司
【公開(kāi)日】2015年5月6日
【申請(qǐng)日】2008年7月17日
【公告號(hào)】CA2693448A1, CA2693453A1, CA2696431A1, CN101802225A, CN101802225B, CN101809167A, CN101809167B, CN103627792A, EP2069496A1, EP2069496A4, EP2069529A2, EP2069529A4, EP2069529B1, EP2076613A1, EP2076613A4, EP2172566A1, EP2172566B1, EP2336314A1, EP2489743A2, EP2489743A3, EP2489743B1, EP2626436A2, EP2626436A3, US8409795, US20090098549, WO2009012410A1, WO2009012418A2, WO2009012418A3, WO2009012420A1