專利名稱:用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域:
本發(fā)明所涉及的是用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸。更具體地說,本發(fā)明用來鑒定非結(jié)核分枝桿菌的ITS(Internal TranscribedSpacer Region,內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū))的核苷酸序列,這些非結(jié)核分枝桿菌包括偶發(fā)分枝桿菌(Mycobacterium fortuitum),龜分枝桿菌(Mycobacterium chelonae),膿腫分枝桿菌(Mycobactetiumabscessus),牝牛分枝桿菌(Mycobacterium vaccae),變黃分枝桿菌(Mycobacterium flavescens),亞洲分枝桿菌(Mycobacteriumasiaticum),豬分枝桿菌(Mycobacterium porcinum),阿加普爾分枝桿菌(Mycobacterium acapulcensis)和迪氏分枝桿菌(Mycobacteriumdiernhoferi)。通過這些分枝桿菌的寡聚核苷酸引物或探針。
在20世紀(jì)50年代曾報道非結(jié)核病分枝桿菌(NTM)能使人致病。在1980年又有報道,鳥分枝桿菌(MAC)能引起愛滋病患者全身性疾病,從此,非結(jié)核分枝桿菌引起了人們的關(guān)注。非結(jié)核分枝桿菌所引起的疾病在臨床癥狀和體癥以及一般病理方面與結(jié)核病相似。非結(jié)核分枝桿菌廣泛地分布于有生命的環(huán)境中,而且在臨床實驗樣本中很難判斷它們是否能致病。由于它們對于很多抗結(jié)核的藥物具有耐藥性,它們所引起的感染病很難治愈,復(fù)發(fā)率也高。非結(jié)核分枝桿菌所引起傳染病應(yīng)該用不同于結(jié)核病的方法治療。因此需要建立準(zhǔn)確而快速的檢測和鑒定非結(jié)核分枝桿菌的方法。同時也需要建立準(zhǔn)確而快速的檢測和鑒別結(jié)核菌(TB complex)和NTM的方法以便于結(jié)核病的有效治療。
到目前為止,已有很多用于診斷分枝桿菌感染和用于檢測、鑒定分枝桿菌菌株的方法。其中,下面的方法目前仍在應(yīng)用第一為微生物學(xué)方法,也就是,涂片、染色和培養(yǎng)試驗。然而,這種方法不適于分枝桿菌,因為它們的繁殖周期長又需要很長的培養(yǎng)時間。象分枝桿菌這樣的致病菌也能傳染給培養(yǎng)室內(nèi)的工作人員。
第二為PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))方法。這種方法不僅對分枝桿菌有高敏感性和特異性,而且非常適用于需要長時間培養(yǎng)的分枝桿菌。特別是,這種方法不需要培養(yǎng)過程,但需要能用于放大的小量DNA,因此,只需要實驗樣品中的小量病原體DNA就足以檢測和鑒定分枝桿菌。很多PCR實驗需要彼此不同的靶DNA引導(dǎo)。IS6110和16SrRNA經(jīng)常用作靶DNA(《spoligotyping(字典未收錄)的用途,用于鑒別IS6110低拷貝量的結(jié)核分枝桿菌(丹麥培養(yǎng))》Bauer J,Andersen AB,Kremer K和Miorner H,1999,《臨床微生物學(xué)雜志》372602-2606;《以高密度DNA探針系列鑒定分枝桿菌和實驗利福平抗藥性》Troesch,A.,H.Nguyen,C.G.Miyada,S.Desvarenne,T.R.Gingeras,P.M.Kaplan,P.Cros and C.Mabilat,1999《臨床微生物學(xué)雜志》3749-55)第三為物理化學(xué)方法。在實驗中用HPLC(高效液相色譜),GC(氣相色譜)或質(zhì)譜來檢測分枝桿菌的脂類成分。這種方法特異性好,但需要昂貴的設(shè)備。
第四為用血清學(xué)方法檢測分枝桿菌成份。這種方法是基于帶有抗體的膠乳顆?;蜓毎c分枝桿菌抗原的凝固反應(yīng)或酶與抗體相連的酶聯(lián)免疫反映。但這種方法只是在有限的位置上高度敏感,且很難區(qū)別是以前感染還是現(xiàn)在感染。
下一個檢測分枝桿菌的方法是用插入了熒光素酶基因的分枝桿菌噬菌體L5感染分枝桿菌,然后檢查介質(zhì)中的熒光素所引起的發(fā)光現(xiàn)象(W.R.Jacobs,R.G.Barletta,R.Udani,J.Chan,G.Kalkut,G.Sosne,T.Kieser,G.J.Sarkis,G.F.Hatful,and B.R.Bloom.1993,《科學(xué)260》819-822)最后一個方法為通過寡聚核苷酸雜交來檢測和鑒定分枝桿菌(A.Troesch,H.Nguyen,C.G.Miyada,S.Desvarenne,T.R.Gingeras,P.M.Kaplan,P.Cros和C.Mabilat.1999《臨床微生物學(xué)雜志》3749-55除了上面提到的鳥分枝桿菌(MAC)外,偶發(fā)分枝桿菌,龜分枝桿菌,地分枝桿菌和牝牛分枝桿菌也稱作非結(jié)核分枝桿菌。其中,龜分枝桿菌又分成龜分枝桿菌和膿腫分枝桿菌,目前還沒有區(qū)分它們的方法。
為此本發(fā)明提供了一些分枝桿菌基因ITS(內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū))的DNA,列于SEQ ID NOs(序列辨認號碼)1至9中。這些分枝桿菌包括,偶發(fā)分枝桿菌,龜分枝桿菌,膿腫分枝桿菌,牝牛分枝桿菌,變黃分枝桿菌,亞洲分枝桿菌,豬分枝桿菌,阿加普爾分枝桿菌和迪氏分枝桿菌。
本發(fā)明還提供了作為PCR引物或雜交探針的寡聚核苷酸,用來檢測分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs10至14中;用來鑒別結(jié)核菌和分枝桿菌中的NTB的,列于SEQ ID NOs15至23中;用來檢測和鑒定MAC(鳥分枝桿菌)和胞內(nèi)分枝桿菌的列于SEQ IDNOs24至27中;
用于檢測和鑒定偶發(fā)分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs28至38中;用于檢測和鑒定龜分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs39至46中;用于檢測和鑒定膿腫分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs47至52中;用于檢測和鑒定牝牛分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs53至64中;用于檢測和鑒定變黃分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs65至72中;用于檢測和鑒定戈氏分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs73至77中;用于檢測和鑒定地分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs78至100中;用于檢測和鑒定瘰疬分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs101至108中;用于檢測和鑒定堪薩斯分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs109至112中;用于檢測和鑒定斯氏分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs113至116中;用于檢測和鑒定海分枝桿菌和潰瘍分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs117至119中;用于檢測和鑒定胃分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs120至123中;用于檢測和鑒定蟾分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs124至133中;用于檢測和鑒定日內(nèi)瓦分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs134至141中;用于檢測和鑒定瑪爾摩分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs142至146中;用于檢測和鑒定猿分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs147至153中;用于檢測和鑒定恥垢分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs154至165中;用于檢測和鑒定石氏分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs166至172中;用于檢測和鑒定哈瓦那分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs173至180中;用于檢測和鑒定鼻疽分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs181至189中;
用于檢測和鑒定亞洲分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs190至193中;用于檢測和鑒定豬分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs194至205中;用于檢測和鑒定阿加普爾分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs206至215中;用于檢測和鑒定迪氏分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs216至227中;用于檢測和鑒定副結(jié)核分枝桿菌的,列于SEQ ID NOs228至240中;最后,用于檢測酒精分枝桿菌的,列于SEQ ID N0241以往用PCR檢測和鑒定分枝桿菌的方法,只能檢測一或二個菌種。而本發(fā)明能檢測和鑒定幾乎所有的分枝桿菌,這是由于本發(fā)明的引物和探針是根據(jù)分枝桿菌的ITS的DNA序列設(shè)計的。ITS比16S rRNA有更多的多態(tài)區(qū)而且ITS也有保守區(qū),因此作為一種靶DNA,它(ITS)能非常有效地鑒別基因型(Gurtler,V.,和V.A.Stanisich,1996,《一種用16S-23SrDNA間隔區(qū)分類和鑒定細菌的新方法》《微生物》1423-16)發(fā)明者對一些還沒有對DNA測序的非結(jié)核分枝桿菌的ITS DNA序列進行測定,這些非結(jié)核分枝桿菌包括象偶發(fā)分枝桿菌,龜分枝桿菌,膿腫分枝桿菌,牝牛分枝桿菌,變黃分枝桿菌,亞洲分枝桿菌,豬分枝桿菌,阿家譜爾分枝桿菌和迪氏分枝桿菌。通過這些DNA序列設(shè)計引物或探針的寡聚核苷酸以檢測和鑒定分枝桿菌。并且進一步參考基因庫中的另一些分枝桿菌的DNA序列,并通過多序列對比和未成熟細胞檢查(Multialignment and Blast)分析這些DNA序列,從而選擇有特色的多態(tài)區(qū),來設(shè)計用于檢測和鑒定分枝桿菌的引物和探針的寡聚核苷酸。最后通過種特異性和屬特異性PCR引物放大和特異雜交實驗確證這些寡聚核苷酸對分枝桿菌的檢測和鑒定效果。
也就是說,本發(fā)明的寡聚核苷酸探針(結(jié)合到固相基質(zhì)中),它們只能與特異的分枝桿菌中的ITS核苷酸序列進行雜交,因此它們能敏感地檢測和鑒定特異的分枝桿菌。通過PCR放大,與上述探針有相同核苷酸序列的寡聚核苷酸引物也能檢測和鑒定特異的分枝桿菌。應(yīng)用這些依據(jù)分枝桿菌ITS制備的寡聚核苷酸引物或探針,便能夠準(zhǔn)確而有效地檢測分枝桿菌,鑒別結(jié)核菌與NTM,和鑒定分枝桿菌的種類。
圖7為PCR后的電泳結(jié)果照片,PCR用了幾種分枝桿菌和一對種特異性引物,這些引物是根據(jù)每種NTM的多態(tài)區(qū)核苷酸序列設(shè)計的。
分枝桿菌DNA的提取過程如下以O(shè)gawa培養(yǎng)基培養(yǎng)分枝桿菌。然后將一鉑環(huán)培養(yǎng)后的菌種置于微量離心管中,并與200μl的InstaGene基質(zhì)(Bio-Rad Co.)混合,56℃孵育30分。再經(jīng)過10分鐘的渦流混合,混合物放于100℃,8分鐘。再經(jīng)過10分鐘渦流混合后,將混合物于12,000rPM離心3分鐘。取其上清放于另一試管中,并放于-20℃保存。在下面的PCR中,將用每個菌種的DNA溶液2μl。例2.放大分枝桿菌ITS制造引物分枝桿菌ITS及通過PCR放大ITS所用的引物列于
圖1中。依據(jù)分枝桿菌16SrRNA和23SrRNA保守區(qū)的幾個片斷來構(gòu)建用于放大分枝桿菌ITS地引物。并通過多序列對比和未成熟細胞檢查分析基因庫分枝桿菌16SrRNA和23SrRNA的DNA序列。然后,通過16SrRNA和23SrRNA的一部分DNA設(shè)計引物,從而能選擇性地放大約500bp的ITS區(qū),這些引物的DNA序列列于SEQ ID NOs242(IT SF)和243(ITSR)中。本例中所用的所有引物是通過Derkin-Elmer DNA合成儀(BioBasic,加拿大)制備,濃度達50nmol。例3.PCR和產(chǎn)品鑒定在PCR中使用例1中的2μl DNA溶液。反應(yīng)液包括500mM KCl,100mM Tris HCl(pH9.0),1%Triton X-100,0.2mM dNTP(dATP,dGTP,dTTP和dCTP),1.5mM MgCl2,1pmol引物,1μ Tag DNA聚合酶(Bio Basic Inc.)。94℃變性5分鐘后,溶液在94℃變性1分鐘,60℃退火1分鐘和72℃延長1分鐘條件下循環(huán)30次。再進一步72℃延長10分鐘,確保延長結(jié)束。反應(yīng)完畢后,通過1.5%瓊脂糖凝膠電泳鑒定PCR產(chǎn)物。象從GenBank(基因庫)資料所預(yù)測的那樣,通過16S rRNA和23S rRNA的保守區(qū)所制備的引物所放大的ITS為約500bP。
圖2是PCR后的電泳結(jié)果照片。PCR采用了幾個分枝桿菌種株和一對ITS放大引物,包括分枝桿菌16S rRNA和23S rRNA的一部分。圖中,M是分子量標(biāo)準(zhǔn),間隔100bP,C為對照組,泳道1至9分別是偶發(fā)分枝桿菌、龜分枝桿菌、胞內(nèi)分枝桿菌、鳥分枝桿菌、結(jié)核分枝桿菌、田野分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌、戈氏分枝桿菌和結(jié)核分枝桿菌H37Rv??梢钥吹匠龑φ誄外,泳道1至9的所有分枝桿菌皆有ITS基因放大現(xiàn)象。例4.分枝桿菌ITS DNA序列測定PCR產(chǎn)品鑒定后,分枝桿菌(其ITS的DNA沒有測序)反應(yīng)物將通過PCR放大,這些分枝桿菌包括偶發(fā)分枝桿菌、龜分枝桿菌、膿性分枝桿菌、牝生分枝桿菌、變黃分枝桿菌、亞洲分枝桿菌、豬分枝桿菌、阿加普爾分枝桿菌和迪氏分枝桿菌。PCR產(chǎn)品則直接用于測定ITS的DNA序列。
DNA的測定濃度為200μmol。DNA序列測定采用染料終止法,同時應(yīng)用通用引物M13和DNA自動測序儀(Perkin-Elmer,ABI prim 377sequencer)。
序列鑒別號碼(SEQ ID Nos)1至9分別指下列分枝桿菌ITS的DNA序列偶發(fā)分枝桿菌、龜分枝桿菌、膿腫分枝桿菌、牝牛分枝桿菌、變黃分枝桿菌、亞洲分枝桿菌、豬分枝桿菌、阿加普爾分枝桿菌和迪氏分枝桿菌。例5.寡聚核苷酸引物的設(shè)計及合成每一個引物,大約20bp,依據(jù)例4中分枝桿菌的ITS的DNA序列設(shè)計,這些分枝桿菌包括偶發(fā)分枝桿菌、龜分枝桿菌、膿腫分枝桿菌、牝牛分枝桿菌、變黃分枝桿菌、亞洲分枝桿菌、豬分枝桿菌、阿加普爾分枝桿菌和迪氏分枝桿菌。并且通過多序列對比和未成熟細胞檢查,比GenBank(基因庫)的其它分枝桿菌ITS的DNA序列比較。
根據(jù)需要,分枝桿菌ITS保守區(qū)DNA序列設(shè)計成檢測分枝桿菌的引物或探針,而高多態(tài)區(qū)的DNA序列則設(shè)計成種特異性的引物或探針。表1至7描述了所設(shè)計的引物或探針以及它們的位置和序列鑒別號碼。表1
表2
表3
表4
表5
表6
表7
例6.用于檢測分枝桿菌的引物的PCR結(jié)果通過分枝桿菌保守區(qū)DNA序列所設(shè)計的屬特異性引物,可用于檢測分枝桿菌。依據(jù)270-350bp所組成的ITS序列所制備的引物當(dāng)中,一對引物,ITSF(序列鑒別號242)和MYC2(序列鑒別號11)被用于PCR。結(jié)果得到時了分枝桿菌的約350bp的放大了的核苷酸,同時在金黃色葡萄球菌、尿腸球菌和粘質(zhì)沙雷氏菌中沒有放大現(xiàn)象。因此說明這種引物可用于檢測分枝桿菌。
表3是PCR后電泳結(jié)果的照片,PCR采用了幾個分枝桿菌種株和一對用于檢測分枝桿菌的引物(ITSF和MYC2)。圖中M為100bp梯度分子量標(biāo)準(zhǔn);C為陰性對照;泳道1為膿腫分枝桿菌ATCC19977;泳道2為田野分枝桿菌ATCC27406;泳道3為亞洲分枝桿菌ATCC25276;泳道4為南非分枝桿菌ATCC33464;泳道5為鳥分枝桿菌ATCC25291;泳道6為牛分枝桿菌ATCC19210;泳道7為龜分枝桿菌ATCC35752;泳道8為變黃分枝桿菌ATCC14474;泳道9為偶發(fā)分枝桿菌ATCC6841;泳道10為戈氏分枝桿菌ATCC14470;泳道11為胞內(nèi)分枝桿菌ATCC13950;泳道12為堪薩斯分枝桿菌ATCC12478;泳道13為草分枝桿菌ATCC354;泳道14為瘰疬分枝桿菌ATCC19981;泳道15為恥垢分枝桿菌ATCC21701;泳道16為斯氏分枝桿菌ATCC35799;泳道17為地分枝桿菌ATCC15755;泳道18為次要分枝桿菌ATCC23292;泳道19為結(jié)核分枝桿菌H37Rv;以及泳道20為牝牛分枝桿菌ATCC15483。從圖中可見,除陰性對照外,從泳道1至20的所有分枝桿菌皆呈ITS放大現(xiàn)象。
表8為通過一對檢測分枝桿菌的引物(ITSF和MYC2)的PCR結(jié)果。表中,+表示放大出現(xiàn);-表示沒有放大現(xiàn)象??梢?,除分枝桿菌外的其他菌種皆無放大現(xiàn)象出現(xiàn)。表8
例7.用于結(jié)核菌的引物的PCR結(jié)果前面例子中制備的寡聚核苷酸引物,被用來鑒定每一個菌種,并且通過PCR放大實驗證實了這些實驗的可靠性。為了鑒定結(jié)核菌(TBCOMPLEX),采用了多重PCR,應(yīng)用一對檢測分枝桿菌的引物(ITSF和MYC2)和一對鑒別結(jié)核菌(TB COMPLEX)和NTM的引物(MTB2和MYC2,序列鑒別號16和11)圖4為多重PCR圖解,多重PCR用于檢測分枝桿菌,同時也用于鑒別結(jié)核菌(TB COMPLEX)和NTM。
圖5為多重PCR后的電泳結(jié)果照片。多重PCR用一對引物(ITSF和MYC2)檢測分枝桿菌,另一對引物(MTB2和MYC2)鑒別結(jié)核菌(TBCOMPLEX)和NTM。圖中,M為100bp梯度的分子量標(biāo)準(zhǔn);C為陰性對照;泳道1和2分別為結(jié)核菌(TB COMPLEX),結(jié)核分枝桿菌H37Rv和牛分枝桿菌;泳道3至10分別為鳥分枝桿菌、胞內(nèi)分枝桿菌、偶發(fā)分枝桿菌、龜分枝桿菌、戈氏分枝桿菌、斯氏分枝桿菌、地分枝桿菌和瘰疬分枝桿菌ATCC19981。泳道1和2的結(jié)核菌,由于2次放大而形成2條帶,這2次放大分別是由檢測分枝桿菌的引物和鑒別結(jié)核菌引物引發(fā)。而在其它泳道的NTM菌株只形成一條帶,這說明只有一次放大。例8.用于鑒定NTM種株的引物的PCR結(jié)果應(yīng)用鑒定NTM種株的種特異性的引物進行PCR,這種引物依據(jù)每一菌株的多態(tài)區(qū)DNA序列制備。
每一個分枝桿菌應(yīng)用一對引物進行PCR,其中第一個為有義鏈,第二個為反義鏈。具體如下選用序列鑒別號16和21鑒定結(jié)核分枝桿菌H37Rv和牛分枝桿菌;序列鑒別號24和27鑒別鳥分枝桿菌和胞內(nèi)分枝桿菌;序列鑒別號29和39鑒別偶發(fā)分枝桿菌;序列鑒別號41和44鑒別龜分枝桿菌;序列鑒別號48和49鑒別膿腫分枝桿菌;序列鑒別號55和63鑒別牝牛分枝桿菌;序列鑒別號66和72鑒別變黃分枝桿菌;序列鑒別號73和75鑒別戈氏分枝桿菌;序列鑒別號88和96鑒別地分枝桿菌;序列鑒別號102和103鑒別瘰疬分枝桿菌;序列鑒別號109和110鑒別堪薩斯分枝桿菌;序列鑒別號113和114鑒別斯氏分枝桿菌;序列鑒別號117和119鑒別海分枝桿菌和潰瘍分枝桿菌;序列鑒別號120和123鑒別胃分枝桿菌;序列鑒別號128和132鑒別蟾分枝桿菌;序列鑒別號135和141鑒別日內(nèi)瓦分枝桿菌;序列鑒別號143和145鑒別瑪爾摩分枝桿菌;序列鑒別號147和149鑒別猿分枝桿菌以及序列鑒別號154和159鑒別恥垢分枝桿菌。PCR完成后,指每一個反應(yīng)產(chǎn)物進行電泳分析。
圖6為PCR后的電泳結(jié)果照片。PCR采用每一種分枝桿菌和每一對種特異的引物,這種引物依照每一個NTM的多態(tài)區(qū)核苷酸序列設(shè)計的。圖中,M為100bp梯度分子量標(biāo)準(zhǔn);C為陰性對照,泳道1和2分別為結(jié)核菌,結(jié)核分枝桿菌H37Rv和牛分枝桿菌ATCC19210;泳道3和4分別為鳥分枝桿菌ATCC25291和胞內(nèi)分枝桿菌ATCC13950;泳道5為偶發(fā)性分枝桿菌ATCC6841;泳道6為龜分枝桿菌ATCC35752;泳道7為膿腫分枝桿菌ATCC19977;泳道8為牝牛分枝桿菌ATCC15483;泳道9為變黃分枝桿菌ATCC14474;泳道10為戈氏分枝桿菌ATCC14470;泳道11為地分枝桿菌ATCC15755;泳道12為瘰疬分枝桿菌ATCC19981;泳道13為堪薩斯分枝桿菌ATCC12478;泳道14為斯氏分枝桿菌ATCC35799;泳道15為海分枝桿菌ATCC927;泳道16為潰瘍分枝桿菌ATCC19423;泳道17為胃分枝桿菌ATCC15754;泳道18為蟾分枝桿菌ATCC19250;泳道19為日內(nèi)瓦分枝桿菌ATCC1233;泳道20為瑪爾摩分枝桿菌ATCC29571;泳道21為猿分枝桿菌ATCC25275;以及泳道22為恥垢分枝桿菌ATCC21701。種特異放大現(xiàn)象可見于泳道1至22。
圖7為PCR后的電泳結(jié)果照片。PCR采用幾種分枝桿菌和一對依每一種NTM多態(tài)區(qū)核苷酸序列所設(shè)計的種特異性引物。圖中,第一張照片采用一對對結(jié)核菌特異的引物(ITSF和MYC2),泳道1和2的結(jié)核分枝桿菌H37Rv和牛分枝桿菌呈放大現(xiàn)象;第二張照片采用一對對鳥分枝桿菌和胞內(nèi)分枝桿菌特異的引物(MAC1和MAC4),泳道3和4的鳥分枝桿菌和胞內(nèi)分枝桿菌呈放大現(xiàn)象;第三張照片采用一對對偶發(fā)分枝桿菌特異的引物(FOR2和FOR10),泳道5的偶發(fā)分枝桿菌呈放大現(xiàn)四張采用一對對龜分枝桿菌特異的引物(CHE3和CHE6),泳道6的龜分枝桿菌呈放大現(xiàn)象;第五張采用一對對戈氏分枝桿菌特異的引物(GOR1和GOR2),泳道7的戈氏分枝桿菌呈放大現(xiàn)象;第六張采用一對對斯氏分枝桿菌特異的引物(SZU1和SZU2),泳道8的斯氏分枝桿菌呈放大現(xiàn)象;第七張采用一對對瘰疬分枝桿菌特異的引物(SCO1和SCO2),泳道10的瘰疬分枝桿菌呈放大現(xiàn)象。泳道9為地分枝桿菌,與上述的種特異引物比較,無放大現(xiàn)象出現(xiàn)。
因此,采用每一對種特異性引物時,PCR可以檢測和特異性地鑒定每一種株的分枝桿菌。
如上所述,首先測定非結(jié)核分枝桿菌的ITS(內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū))的DNA序列,然后在通過這些DNA序列,設(shè)計寡聚核苷酸引物或探針,來檢測和鑒定分枝桿菌,這些非結(jié)核分枝桿菌包括偶發(fā)分枝桿菌、龜分枝桿菌、膿腫分枝桿菌、牝牛分枝桿菌、變黃分桿枝菌、亞洲分枝桿菌、豬分枝桿菌、阿加普爾分枝桿菌和迪氏分枝桿菌。所以應(yīng)用PCR引物或雜交探針,可以檢測分枝桿菌,鑒別結(jié)核菌和NTM以及快速而有效地鑒定分枝桿菌種株。這種檢測和鑒別方法能有效地診斷復(fù)雜的感染,因此能夠準(zhǔn)確地治療分枝桿菌感染,包括結(jié)核病。
通過這些目前被認為是最實用和有效的例子來闡述本發(fā)明時,應(yīng)該注意到本發(fā)明的權(quán)力要求不限于這些例子。恰恰相反,本發(fā)明不僅覆蓋附加權(quán)力要求的范圍和宗旨,還覆蓋對它們的各種修改和相同的構(gòu)思。
SP2001067KR序列表<110>KIM,Jeong Joon;SJ HIGHTECH Co.,Ltd.
KIM.Cheol MinPARK,Hee Kyung<120>(Oligonucleotide for detection and identification of Mycobacteria)用于檢測和檢定分枝桿菌的寡聚核苷酸<130>PP05020/PCT<150>KR 10-1999-0019631<151>1999-05-29<150>KR 10-1999-0019632<151>1999-05-29<150>KR 10-1999-0019633<151>1999-05-29<150>KR 10-1999-0019634<151>1999-05-29<150>KR 10-1999-0019635<151>1999-05-29<150>KR 10-2000-0018189<151>2000-04-07<160>243<170>KopatentIn 1.71<210>1<211>386<212>DNA<213>(Mycobacterium fortuitum)偶發(fā)分枝桿菌<400>1aggagcacca cgaaaagggt tgagacactg ggtcttaccc gagccgtgag gaaccggttg 60cctgtagtgg gcacggtttg gtgcacaaca aacttttttg actgccagac acactattgg120gctttgagac aacaggcccg tgcccctttt ggggggtggc atccggttgc gggtgtcggc180gtgttgttgc ctcactttgg tggtggggtg tggtgtttga tttgtggata gtggttgcga240gcatctagca cgcagaatcg tgtggtctca ctccttgtgg gtggggctgg ttttgtgtgt300tgatgtgcaa tttcttttga aactcatttt tggtttttgt gttgtaagtg tttaagggcg360catggtggat gccttggcag gatcca 386<210>2<211>338<212>DNA<213>(Mycobacterium chelonae)龜分枝桿菌<400>2aggagcacca tttcccagcc gaatgagctt gggaacataa agcgagtttc tgtagtggtt 60actcgcttgg tgaatatgtt ttataaatcc tgtccacccc gtggataggt agtcggcaaa120acgtcggact gtcaatagaa ttgaaacgct ggcacactgt tgggtcctga ggcaacacat180tgtgttgtca ccctgcttgg tggtggggtg tggtctttga cttatggata gtggttgcga240gcatctaaca aacctcgctc gtttacgagt gaggttagtt tttgcaattt attagctaag300ttcttaaggg cacatggtgg atgccttggc aggatcca338<210>3<211>317<212>DNA<213>(Mycobacterium abscessus)膿腫分枝桿菌<400>3aaggagcacc atttcccagt cgaatgaact agggaacata aagtaggcat ctgtagtgga 60tatctacttg gtgaatatgt tttgtaaatc ctgtccaccc cgtggatggg tagtcggcaa120aacgtcggac tgtcataaga attgaaacgc tggcacactg ttgggtcccg aggcaacacg180ttgtgttgtc accctgcttg gtggtggggt gtggactttg acttctgaat agtggttgcg240agcatctaaa catagcctcg ctcgttttcg agtggggctg gtttttgcaa ttttattagc300taagttctta agggcgc 317<210>4<211>429<212>DNA<213>(Mycobacterium vaccae)牝牛分枝桿菌<400>4aaggagcacc acgagaatca ggcccgccca catcgtgtgg gggttcggtg atctgatcga 60ttcgttggat ggcctttcat ctgtagtgga tgggggtctg gtgcacatga caaacttggc120cgagccggta gggaatgccg gcgagggaaa tcatcagaca cactattggg ctttgagaca180acaagcccgt gccccttttt ttgggggtgg ctctgcgttg gcagggtcgg cgtgttgttg240ccccgctttg gtggtggggt gtggtgtttg attcgtggat agtggttgcg agcatctgaa300tgcacagcgc ttgtggtgtt gtgtgttcgg tgtaatgcaa atttttctga tactcgcatg360cagtcccttt ttgggggtgt gtgtgggtga ctcatttttt ggttttgtgt tgtaagtgtt420taagggcgc429<210>5<211>379<212>DNA<213>(Mycobacterium flavescens)變黃分枝桿菌<400>5aaggagcacc atttattgtt cccccgtccc cacgtgtgtg ggatcagtgc ggttgggaga 60tcagtgccgg gcctgtagtg ggtttccggt gggtgcacaa caaacgtgag aagtggtgtg120ggaacactgc tttgaggaat catcagacac actattgggc tttgaggcaa caggcccgtt180gtttccctgg ccactgtgtg tggtgggggg tctggtgtcg ccctgtcttt ggtggtgggg240tgtggtgttt gattcgtgga tagtggttgc gagcatctga acaggtggct cccttttggg300ggttgcttgt tttgataatg caatttttta ttcttccgag aatatttttc tgttttgtgt360tgtaagtgtt taagggcgc 379<210>6<211>364<212>DNA<213>(Mycobacterium asiaticum)亞洲分枝桿菌<400>6tggatccgac gaagtcgtaa caaggtagcc gtaccggaag gtgcggctgg atcacctcct 60ttctaaggag caccacgaaa gcatcccaat tggtgggatg caggccgtgt ggagttctcg120tctgtagtgg acgagggctg ggtgcacaac aacaagcaag ccagacacac tattgggtcc180tgagacaaca ctcgggcgct agcacgaagt gttgtccctc catcttggtg gtggggtgtg240gtgtttgaga actggatagt ggttgcgagc atcaactgat cgcgtcgccg ttcgcggtgg300cgtgttcttt tgtgcaattt taaattcttt ggtttttgta gtgtttgtaa gtgtctaagg360gcgc 364<210>7<211>402<212>DNA<213>(Mycobacterium porcinum)豬分枝桿菌<400>7aaggagcacc gattcgattc ccccgccgtc cgcgtagtcg tgggcagtag tgcggttggg 60atatttcagc caggacctgt agtgggtgtc tggtgggtgc aaatgacaaa cgttgagccg120gcgcgggaaa gcgttggtga tggaactgct gaacacacta ttgggctttg agacaacagg180cccgtgcccc tttcgggggg tggcattccg ttgggagtgt cggcgtgttg ttgctccgct240ttggtggtgg ggtgtggtgt ttgatttgtg gatagtggtt gcgagcatct agcacgcagt300gtggctgggg gccttcgggt ttccggtctt gttgtgtgtt gatgtgcaat ttcttttgaa360actcattttt ggtttttgtg ttgtaagtgt ttaagggcgc at 402<210>8<211>459<212>DNA<213>(Mycobacterium acapulcensis)阿加普爾分枝桿菌<400>8aaggagcacc agttattttc ccccgccccc acgcctgtgg gatcagttgc ggttgggata 60tttagtgcca gcacctgtag tgggtgtttc ggccggtgca cagcaaacgt tgatcgtctg120gtggggaaag ccgggcgtga aagattgcca gacacactat tgggctttga gacaacaagc180ccgtcgcctc tttgtcccga gtgtgggata tcggagaagg agcaccacga gacctgttgc240ccgcccacat cgtgtgggag ttcggtgact caggcgattc gggggttggt tgtggttgtc300gccctgcttt ggtggtgggg tgtggtgttt gatttgtgga tagtggttgc gagcatctga360acgcagagac ctgtgtgggt ttttgtgttc tgataatgca atttttattc ttccgagaat420attttttgat ctgttttgtg tgtaagtgtt taagggcgc 459<210>9<211>418<212>DNA<213>(Mycobacterium diernhoferi)迪氏分枝桿菌<400>9aaggagcacc acgagacctg ttgcccgccc acatcgtgtg ggagttcggt gactcaggcg 60attcgttgga tggcctcaca cctgtagtgg gtgggggtct ggtgcacaac aaactttgag120aaactgccag acacactatt gggctttgag acaacaggcc ctgcggtgcc ggactcgttg180gagtcctggt tgccggccgc gagtcccgga agcgattctg gttcggacgg tgtctgttgt240tgctccatct ttggtggtgg ggtgtggtgt ttgatttgtg gatagtggtt gcgagcatct300agcacgcaag aggagtctgg gtttccttcg ggagcccggg tttttgttgt gtgtgtttga360tgtgcaattt ttttcttcta tttggtttta tctgtgttgt aagtgtttaa gggcgcat 418<210>10<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteria(<400>10tggtggggtg tggtgtttga20<210>11<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacteria)用于檢測分枝桿菌的探針或引物序列<400>11tggatagtgg ttgcgagcat20<210>12<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacteria)用于檢測分枝桿菌的探針或引物序列<400>12ccatcttggt ggtggggtgt20<210>13<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacteria)用于檢測分枝桿菌的探針或引物序列<400>13cacactattg ggccctgagg20<210>14<211>10<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacteria)用于檢測分枝桿菌的探針或引物序列<400>14aaggagcacc 10<210>15<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>15cactcggact tgttccaggt20<210>16<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>16tggtggggcg taggccgtga20<210>17<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>17ccccaactgg tggggcgtag20<210>18<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>18ccgtgagggg ttcttgtctg20<210>19<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>19gtagtgggcg agagccgggt20<210>20<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>20catgacaaca aagttggcca20<210>21<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>21caacactcgg acttgttcca20<210>22<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>22gttccaggtg ttgtcccacc20<210>23<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting TB complex)用于檢測結(jié)核菌的探針或引物序列<400>23cgagcatcaa tggatacgct20<210>24<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium avium)complex(MAC)用于檢測鳥分枝桿菌的探針或引物序列<400>24gttcatcgaa atgtgtaatt20<210>25<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium avium)complex(MAC)用于檢測鳥分枝桿菌的探針或引物序列<400>25gtgtggagtc cctccatctt20<210>26<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium avium)complex(MAC)用于檢測鳥分枝桿菌的探針或引物序列<400>26aaatgattgc cagacacact20<210>27<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium avium)complex(MAC)用于檢測鳥分枝桿菌的探針或引物序列<400>27ccctgagaca 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or primer for detecting Mycobacterium fortuitum)用于檢測偶發(fā)分枝桿菌的探針或引物序列<400>33acacactatt gggctttgag20<210>34<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium fortuitum)用于檢測偶發(fā)分枝桿菌的探針或引物序列<400>34ctattgggct ttgagacaac20<210>35<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium fortuitum)用于檢測偶發(fā)分枝桿菌的探針或引物序列<400>35aggcccgtgc cccttttggg20<210>36<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium fortuitum)用于檢測偶發(fā)分枝桿菌的探針或引物序列<400>36tggcatccgg ttgcgggtgt20<210>37<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium fortuitum)用于檢測偶發(fā)分枝桿菌的探針或引物序列<400>37tagcacgcag aatcgtgtgg20<210>38<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium fortuitum)用于檢測偶發(fā)分枝桿菌的探針或引物序列<400>38ggttttgtgt 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Mycobacterium chelonae)用于檢測龜分枝桿菌的探針或引物序列<400>44tcaatagaat tgaaacgctg20<210>45<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium chelonae)用于檢測龜分枝桿菌的探針或引物序列<400>45ggcaacacat tgtgttgtca20<210>46<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium chelonae)用于檢測龜分枝桿菌的探針或引物序列<400>46taacaaacct cgctcgttta20<210>47<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium abscessus)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>47cataaagtag gcatctgtag20<210>48<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium abscessus)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>48agtggatatc tacttggtga20<210>49<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium abscessus)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>49taaacatagc ctcgctcgtt20<210>50<211>20<212>DNA<213>(Artificial 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vaccae)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>55cgattcgttg gatggccttt20<210>56<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>56ggccgagccg gtagggaatg20<210>57<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae(用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列)<400>57ccggcgaggg aaatcatcag20<210>58<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae(用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列)<400>58acacactatt gggctttgag20<210>59<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>59acaacaagcc cgtgcccctt20<210>60<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>60ttttgggggt ggctctgcgt20<210>61<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>61tggcagggtc ggcgtgttgt20<210>62<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>62tgtttgattc gtggatagtg20<210>63<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae)
用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>63gaatgcacag cgcttgtggt20<210>64<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium vaccae)用于檢測膿腫分枝桿菌的探針或引物序列<400>64gtgtgttcgg tgtaatgcaa20<210>65<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumflavescens(用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列)<400>65tttattgttc ccccgtcccc20<210>66<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumflavescens(用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列)<400>66acgtgtgtgg gatcagtgcg20<210>67<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumflavescens(用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列)<400>67gttgggagat cagtgccggg20<210>68<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumflavescens(用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列)<400>68cctgtagtgg gtttccggtg20<210>69<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumflavescens(用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列)<400>69cgtgagaagt ggtgtgggaa20<210>70<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium)flavescens用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列<400>70cactgctttg aggaatcatc20<210>71<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumflavescens(用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列)<400>71ggcccgttgt ttccctggcc20<210>72<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumflavescens(用于檢測變黃分枝桿菌的探針或引物序列)<400>72tgaacaggtg gctccctttt20<210>73<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium gordonae(用于檢測戈氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>73cgacaacaag ctaagccaga20<210>74<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium gordonae)用于檢測戈氏分枝桿菌的探針或引物序列<400>74tgttcttttt 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Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>80cgcactgggc gcattccgag20<210>81<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>81gtgggggctg ggtgcacaac20<210>82<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>82caacgttgaa aacaagatcg20<210>83<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>83aattacgaac aacaacaagc20<210>84<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>84ttgcgagatc atcaactgcc20<210>85<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>85aggagtcctt gggggtttct20<210>86<211>20<212>DNA<213>(Artificial 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terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>97atgggtgagg gtttttgcgg20<210>98<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>98ttgggacagt gtttgccggt20<210>99<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>99gcctgtagtg ggtggccggt20<210>100<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium terrae)用于檢測地分枝桿菌的探針或引物序列<400>100ggtggccggt ggtgcagagg20<210>101<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumscrofluceum(用于檢測瘰疬分枝桿菌的探針或引物序列)<400>101cctgaggcaa cactcggctc20<210>102<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumscrofluceum(用于檢測瘰疬分枝桿菌的探針或引物序列)<400>102tcggctcgtt ctgagtggtg20<210>103<211>20<212>DNA<213>(Artificial 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Mycobacteriumscrofluceum(用于檢測瘰疬分枝桿菌的探針或引物序列)<400>108tcgttgaaat gtgtaatttc20<210>109<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium kansasii)用于檢測堪薩斯分枝桿菌的探針或引物序列<400>109gtggggtgca agccgtgagg20<210>110<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium kansasii)用于檢測堪薩斯分枝桿菌的探針或引物序列<400>110gcgtgttctt ttgtgcaatt20<210>111<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium kansasii)用于檢測堪薩斯分枝桿菌的探針或引物序列<400>111gcaactgtaa atgaatcacc20<210>112<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium kansasii)用于檢測堪薩斯分枝桿菌的探針或引物序列<400>112ctggatgcgc tgccgttcgt20<210>113<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium szulgai)用于檢測斯氏分枝桿菌的探針或引物序列<400>113aacactcagg 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xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>124catctggcaa agactgtggt20<210>125<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>125agggagcacc gtaaacgcat20<210>126<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>126cccgcgtggg gtggggtgtg20<210>127<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>127ggttcggcgt gttgtggcgt20<210>128<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)
用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>128cgggccgagg tgttgggcag20<210>129<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>129caggcagtaa ccgccggcac20<210>130<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>130caggcagtaa ccgccggcac20<210>131<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>131tccgcgtggt ggcggggtgt20<210>132<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>132agactgtggt aagcggtttt20<210>133<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium xenopi)用于檢測蟾分枝桿菌的探針或引物序列<400>133tgttgagtgt tttctggtgt20<210>134<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>134cattgaatag tggttgcgag20<210>135<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>135aacaacaggc aatcgccgga20<210>136<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>136tcggccgact gaggtcgacg20<210>137<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223> (sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>137gacgtggtgt ccctccatct20<210>138<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>138ttgagcattg aatagtggtt20<210>139<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>139gcgagcatct agacggatgc20<210>140<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>140gttccccagt ggtgcgcgtt20<210>141<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium genavense)用于檢測日內(nèi)瓦分枝桿菌的探針或引物序列<400>141cgtcaaaaat gtgtaatttt20<210>142<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium malmoense)用于檢測瑪爾摩分枝桿菌的探針或引物序列<400>142agcatctaaa cggatgcgct20<210>143<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium malmoense)用于檢測瑪爾摩分枝桿菌的探針或引物序列<400>143tggtggggtg caagccgtga20<210>144<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium malmoense)用于檢測瑪爾摩分枝桿菌的探針或引物序列<400>144ccagtccgcg tggtgtcccc20<210>145<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium malmoense)用于檢測瑪爾摩分枝桿菌的探針或引物序列<400>145tgcccgtaga cgcgtattcg20<210>146<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium malmoense)用于檢測瑪爾摩分枝桿菌的探針或引物序列<400>146tttgtgtaat ttcttctttg20<210>147<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium simiae)用于檢測猿分枝桿菌的探針或引物序列<400>147acaacaacag gcaatcgcca20<210>148<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium simiae)用于檢測猿分枝桿菌的探針或引物序列<400>148actcggccga cttcggttga20<210>149<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium simiae)用于檢測猿分枝桿菌的探針或引物序列<400>149gagcatctaa atgaacgcgt20<210>150<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium simiae)用于檢測猿分枝桿菌的探針或引物序列<400>150tccaattggt ggggtgtgag20<210>151<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium simiae)用于檢測猿分枝桿菌的探針或引物序列<400>151tgcacaacaa caggcaatcg20<210>152<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium simiae)用于檢測猿分枝桿菌的探針或引物序列<400>152cgacttcggt tgaagtggtg20<210>153<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium simiae)
用于檢測猿分枝桿菌的探針或引物序列<400>153tacgtgttcg ttttgtgtaa20<210>154<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium smegmatis)用于檢測恥垢分枝桿菌的探針或引物序列<400>154gacactctcc gttggggagg20<210>155<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium smegmatis)用于檢測恥垢分枝桿菌的探針或引物序列<400>155gtgtgagccg tgaggagctg20<210>156<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium smegmatis)用于檢測恥垢分枝桿菌的探針或引物序列<400>156gagcgctgta gtggcgccgg20<210>157<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium smegmatis)用于檢測恥垢分枝桿菌的探針或引物序列<400>157cttggtgcac agcaaacgtt20<210>158<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium smegmatis)用于檢測恥垢分枝桿菌的探針或引物序列<400>158gagatgcggt gtgggaaacg20<210>159<211>20<212>DNA<213>(Artificial 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habana)用于檢測哈瓦那分枝桿菌的探針或引物序列<400>175ggttctcgtc tgtagtggac20<210>176<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium habana)用于檢測哈瓦那分枝桿菌的探針或引物序列<400>176tgcacaacaa caggcaatcg20<210>177<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium habana)用于檢測哈瓦那分枝桿菌的探針或引物序列<400>177ggccgacttc ggttgaagtg20<210>178<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium habana)用于檢測哈瓦那分枝桿菌的探針或引物序列<400>178ggggtgtggt gtttgagtat20<210>179<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium habana)用于檢測哈瓦那分枝桿菌的探針或引物序列<400>179gagcatctaa atgaacgcgt20<210>180<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium habana)用于檢測哈瓦那分枝桿菌的探針或引物序列<400>180tacgtgttcg ttttgtgtaa20<210>181<211>20<212>DNA<213>(Artificial 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detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>197tggtgggtgc aaatgacaaa20<210>198<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>198gagccggcgc gggaaagcgt20<210>199<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>199gtgatggaac tgctgaacac20<210>200<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>200ggctttgaga caacaggccc20<210>201<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>201cggggggtgg cattccgttg20<210>202<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)
用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>202cggcgtgttg ttgctccgct20<210>203<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>203tagtggttgc gagcatctag20<210>204<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>204agtgtggctg ggggccttcg20<210>205<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>(sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium porcinum)用于檢測豬分枝桿菌的探針或引物序列<400>205ggtcttgttg tgtgttgatg20<210>206<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>205tgccagcacc tgtagtgggt20<210>207<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>207gatcgtctgg tggggaaagc20<210>208<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>208cgggcgtgaa agattgccag20<210>209<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>209agcccgtcgc ctctttgtcc20<210>210<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium
acapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>210cgagtgtggg atatcggaga20<210>211<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>211ggagcaccac gagacctgtt20<210>212<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>212cgcccacatc gtgtgggagt20<210>213<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>213tcggtgactc aggcgattcg20<210>214<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probeor primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>214gggtgtggtg tttgatttgt20<210>215<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumacapulcensis(用于檢測阿加普爾分枝桿菌的探針或引物序列)<400>215cgagcatctg aacgcagaga20<210>216<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>216acctgttgcc cgcccacatc20<210>217<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>217gtgtgggagt tcggtgactc20<210>218<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>218ttcgttggat ggcctcacac20<210>219<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>219tgcacaacaa actttgagaa20<210>220<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>220acaggccctg cggtgccgga20<210>221<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdieruhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>221tcgttggagt cctggttgcc20<210>222<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>222ggccgcgagt cccggaagcg20<210>223<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>223gtctgttgtt gctccatctt20<210>224<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>224ggtgtggtgt ttgatttgtg20<210>225<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>225atagtggttg cgagcatcta20<210>226<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>226acgcaagagg agtctgggtt20<210>227<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumdiernhoferi(用于檢測迪氏分枝桿菌的探針或引物序列)<400>227ttgttgtgtg tgtttgatgt20<210>228<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>228gagcaccacg aaaagcaccc20<210>229<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>229ctggtggggt gcgagccgtg20<210>230<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>230gcgagccgtg aggggttccc20<210>231<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>231aggggttccc gtctgtagtg20<210>232<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>232acgggggccg ggtgcgcaac20<210>233<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacterium
paratuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>233caaatgattg ccagacacac20<210>234<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>234tattgggcct gagacaacac20<210>235<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>235cggtccgtcc gtgtggagtc20<210>236<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>236tccatcttgg tggtggggtg20<210>237<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>237ggtgtttgag tattggatag20<210>238<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>238tggttgcgag catctagatg20<210>239<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>239gcgcatggtc tccgtggccg20<210>240<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteriumparatuberculosis(用于檢測副結(jié)核分枝桿菌的探針或引物序列)<400>240gttcatcgaa atgtgtaatt20<210>241<211>20<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of probe or primer for detecting Mycobacteria sp.
(用于檢測酒精分枝桿菌的探針或引物序列)<400>241aaaagctgtt gtttgacggt20<210>242<211>25<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of primer for amplifying Mycobacteria ITS selected fromthe sequence of 16S rRNA in Mycobacteria(用于放大從分枝桿菌16S rRNA序列中選擇出來的分枝桿菌ITS的引物序列)<400>242tggatccgac gaagtcgtaa caagg 25<210>243<211>25<212>DNA<213>(Artificial Sequence)人工序列<220><223>sequence of primer for amplifying Mycobacteria ITS selected fromthe sequence of 23S rRNA in Mycobacteria(用于放大從分枝桿菌23S rRNA序列中選擇出來的分枝桿菌ITS的引物序列)<400>243tggatcctgc caaggcatcc accat 2權(quán)利要求
1.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的偶發(fā)分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號1中。
2.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的龜分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號2中。
3.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的膿腫分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號3中。
4.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的牝牛分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號4中。
5.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的變黃分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號5中。
6.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的亞洲分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號6中。
7.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的豬分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號7中。
8.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的阿加普爾分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號8中。
9.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的迪氏分枝桿菌基因ITS的DNA,列于序列鑒別號9中。
10.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號10至14中。
11.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是鑒別分枝桿菌中的結(jié)核菌和NTB的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號15至23中。
12.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定鳥分枝桿菌MAC和胞內(nèi)分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號24至27中。
13.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定偶發(fā)分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號28至38中。
14.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是用于檢測和鑒定龜分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號39至46中。
15.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定膿腫分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號47至52中。
16.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定牝牛分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號53至64中。
17.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定變黃分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號65至72中。
18.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定戈氏分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號73至77中。
19.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定地分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號78至100中。
20.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定瘰疬分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號101至108中。
21.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定堪薩斯分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號109至112中。
22.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定斯氏分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號113至116中。
23.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定海分枝桿菌和潰瘍分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號117至119中。
24.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定胃分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號120至123中。
25.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定蟾分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號124至133中。
26.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定日內(nèi)瓦分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號134至141中。
27.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定瑪爾摩分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號142至146中。
28.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定猿分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號147至153中。
29.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定恥垢分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號154至165中。
30.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定石氏分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號166至172中。
31.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定哈瓦那分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號173至180中。
32.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定產(chǎn)鼻疽分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號181至189中。
33.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定亞洲分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號190至193中。
34.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定豬分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號194至205中。
35.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定阿加普爾分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號206至215中。
36.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定迪氏分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號216至227中。
37.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測和鑒定副結(jié)核分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號228至240中。
38.一種用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸,其特征是檢測酒精分枝桿菌的寡聚核苷酸,列于序列鑒別號241中。
全文摘要
本發(fā)明是用于檢測和鑒定分枝桿菌的寡聚核苷酸。更具體地說,是用來鑒定非結(jié)核分枝桿菌的ITS(內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū))的核苷酸序列,這些非結(jié)核分枝桿菌包括:偶發(fā)分枝桿菌,龜分枝桿菌,膿腫分枝桿菌,牝牛分枝桿菌,變黃分枝桿菌,亞洲分枝桿菌,豬分枝桿菌,阿加普爾分枝桿菌和迪氏分枝桿菌。通過這些分枝桿菌的寡聚核苷酸引物或探針。本發(fā)明的寡聚核苷酸探針(結(jié)合到固相基質(zhì)中),它們只能與特異的分枝桿菌中的ITS核苷酸序列進行雜交,因此它們能敏感地檢測和鑒定特異的分枝桿菌。通過PCR放大,與上述探針有相同核苷酸序列的寡聚核苷酸引物也能檢測和鑒定特異的分枝桿菌。應(yīng)用這些依據(jù)分枝桿菌ITS制備的寡聚核苷酸引物或探針,便能夠準(zhǔn)確而有效地檢測分枝桿菌,鑒別結(jié)核菌與NTM,和鑒定分枝桿菌的種類。
文檔編號C07K14/195GK1353753SQ00808201
公開日2002年6月12日 申請日期2000年5月16日 優(yōu)先權(quán)日1999年5月29日
發(fā)明者金哲民, 樸希卿, 張賢貞 申請人:Sj高技術(shù)株式會社, 金哲民, 樸希卿